吳琦認為，軍隊建設的首要問題是搞好教育，特別是思想政治工作。他說:“任何管理國家和軍隊的人都必須學會禮貌，鼓勵正直，並受到羞辱。”夫人有羞恥感。她能在大腳裏戰鬥，卻能在小腳裏保持。”換句話說，只有首先運用新興地主階級應該遵循的道德準則——禮儀，來教育軍民。用符合本階級利益的行為準則——義來激勵官兵，讓他們懂得榮辱，讓他們為統治階級而戰，以榮避恥。吳起也深刻認識到士氣在戰爭中的作用。他認為“嚴刑峻法，賞罰分明”固然重要，但“不靠”也不能完全靠它來取勝。必須通過思想教育充分調動人的積極性，達到“下達命令使人喜聞樂見，發動群眾使人高興打仗，使人高興去死”的目的，以保證戰爭的勝利。吳起鼓舞士氣的方式是物質鼓勵和精神鼓勵並用。物質鼓勵是給有立功表現的人壹個官居；精神鼓勵就是讓立功的人感到光榮。比如，他曾建議吉煒在祠堂裏辦慶功宴，分前、中、後三排，“坐功而進”，吃精美的酒菜和昂貴的餐具；”第二次坐中行”，待遇略少；坐以待斃”，壹切都很簡單。參與者的家屬也會被叫到祠堂外開會，不僅讓他們看到丈夫、兒子、兄弟姐妹的座次情況，還會根據他們的功績進行頒獎。毫無疑問，在這種情況下，做出貢獻的人會感到光榮，失敗的人會感到羞恥，這不僅激勵了做出貢獻的人，也激勵了失敗的人。據說:“行三年，秦人遷西河，魏氏聞之，有千余人，不候官命，奮力而戰。”吳起問，他就率領“五萬落第者”去攻打秦國。吉煒同意了他的請求，賞賜他“500輛戰車和3000匹戰馬”。結果“五百人敗於秦”。人評價，“此勵誌之作也”。看來吳起還挺懂壹些軍事心理學知識的。
吳起在軍隊建設中非常重視訓練。他說:“我老婆經常因為什麽都不會(不會打架技巧)，不方便打敗她(不會熟練戰術)。”所以常備軍的地方兵雖然都是經過考試選拔出來的壯丁，但還是需要嚴格的訓練。吳起所說的訓練內容相當全面，既有個人動作，如跪、立、行、停、轉(“坐起、停、左右、前後”)，也有隊列教練，如解散、集合、隊形變換(“分而合、結而解”、“圓而方”)。特別值得壹提的是他的訓練方法，具有創新性。他沒有采取同時集中培訓的壹般方法，而是采取了先培訓少數骨幹提高，再培訓大部分推廣的方法。他說:“壹人學戰，十人學戰，百人學戰，十人學戰，三軍皆教。”。在當時，應該說是相當先進的。
吳起雖然認為僅靠“重刑明賞”是不能取得勝利的，但他並沒有忽視軍紀，而是極其強調軍紀。他說，“法規不清，獎懲不信。如果有幾百萬，有什麽用？”因此，他要求士卒必須“服從命令”，絕對服從，必須“禁止”。嚴格不犯罪。“他處決壹個未經命令就砍下敵人頭顱的爪牙的例子，說明他執法之嚴。他還規定，打仗時，“入者重賞，退者重罰”。他認為，這樣壹支軍隊，“無論它追求什麽，世界都是辦不到的。"
在軍事組織上，吳起主張根據自身特點組建精銳部隊。比如“有勇有謀者，將聚為壹兵壹卒(編為壹隊)”，“能超越高處，輕裝上陣者，將聚為壹兵壹卒”。這種隊形有利於根據戰術需要部署兵力。在各隊的組建中，吳起也主張以量為用，根據士卒的具體情況分配戰鬥任務。比如“矮子持矛戟，老者持弩，.....弱者扶同行，智者謀師傅”。同時也吸收了管仲的建軍精神，講究“與村相比，什麽與什麽互相保護”，使來自同鄉、鄰裏的人都納入同壹階層，互相幫助、互相保障。