加爾文的教會論涵蓋非常廣，包括了基督徒的自由、教會的權柄、真教會的基本特質等，其中他所認為真教會的特質應該包括了：“傳揚神的道”，“教會紀律”及“遵行聖禮”。所以傳福音、聆聽上帝的話，接受教會監督及遵行聖禮都是十分重要的。聖禮的定義加爾文對聖禮的定義是：“神賜恩給我們的證據，是壹種外在的印誌，和我們對他的敬虔之互相印證，加以確認。”
其中必要聖禮特別是指“洗禮”與“聖餐”。“洗禮”：加爾文認為洗禮是基督徒的第壹個聖禮，其意涵是加入教會的表記，好叫人們被接入基督，列為神的兒女。加爾文非常反對私人洗禮。因為他認為洗禮與聖餐是教會的公***聖職，私人不可擅自施洗。且受洗者必須要先充分明白真理，才可施洗。
加爾文強調通過聖餐，使得信徒得以與基督連結。他並不重視餅跟杯，他主張“在聖靈裏耶穌基督身體真實的臨在”。也就是說，人在聖靈裏改變而體驗到耶穌基督的臨在，體驗到耶穌基督的身體與血。但是在領受聖餐時，必須需揚神的道。所以對於當時天主教保留餅和杯，給生病無法前來的信徒或是王公貴族舉行私人彌撒，這些作法加爾文並不贊成。因為他認為不在崇拜及充分宣揚上帝的話之場合領受聖餐，是沒有意義的。
約翰加爾文(壹)加爾文的早年：第三位著名的改教運動領袖是加爾文(John Calvin)，他於主後壹五零九年生在法國壹個富豪的人家。十三歲時，即被送往巴黎大學讀書。他的天分很高，但讀書的時候很能安分克己，從不違犯校規。有人說：加氏讀書壹周，就用壹天溫習壹周的功課；讀書壹年，就用壹個月溫習那壹年的功課。他求學的恒心，由此可以表明出來。
加氏說：「我做小孩子的時候，我的父親決定要我學習神學。後來看見研究法律的，在各處所得的利益大些，他的計劃因這盼望忽然改變了。因此我也不得不舍棄我的哲學來學習法律。我雖服從了我父的意見，想在法律上用功，只是神有不可思議的預備，引導我往別的方向走。最初我居在那倡異端的教皇勢力之下，好似掉在無底坑裏，不容易被拖出來。雖我年齡極輕，性情極硬，然而神忽然使我悔改，屈服我心，使變為溫柔。」
壹五三壹年，加氏的父親壹死，他就順著自己的意思，研究神學。他悔改之後，立定誌向，凡事要順從神的旨意，立誌做上帝的壹名仆人。
(二)成為改教領袖與作家：加爾文在青年時代遊學時，結交了許多有影響力的朋友，其中壹位是巴黎大學校長柯布。主後壹五三三年，柯布發表了壹篇萬聖節演講。演講內容充滿伊拉斯姆及路德的觀點。由於謠傳該講稿曾經過加爾文的指導，以致他們倆人都必須逃命。趁著朋友們在前面與地方長官交談之際，加爾文趕緊從後窗潛逃。
接下來，是壹年的漂泊。加氏從壹城逃到另壹城，而且必須經常化名。每到壹處，就在秘密的地方教授壹小群人。
主後壹五三五年，加氏的亡命生涯總算在瑞士巴塞爾得到壹段喘息的日子。這期間，他把全本聖經真理作有系統的整理。於主後壹五三六年春出版了他的《基督教原理》(Institutes of the Christian Religion)。這本書被譽為基督教最具影響力的偉大著作，不只在改教時期，直到今日仍是如此。在寫這本巨著時，加爾文僅廿六歲。
《基督教原理》原先只是壹本小冊子，把基督教信仰的基本真理作個摘要，以便讓人明白最近在法國活活被燒死的許多忠心聖徒所持定的信仰。(以後加爾文逐漸增大其篇幅，使它成為最詳盡的基督教教義論述之壹。)由於此書流傳至全歐改教者手中，使這位年輕人成為新教義的領導人物。
(三)日內瓦結識法惹勒：《基督教原理》出版以後，加氏決定到德國西南的司特拉斯堡(Strassburg)過平靜的學者生活。但因戰火阻撓，只得繞道而行，經過瑞士日內瓦，原計劃只在那裏停留壹夜。但日內瓦改教運動的領袖威廉法惹勒(William Farel)壹得知基督教原理的作者來到，就趕去旅館找他。法惹勒比加爾文年長二十歲，身材短小，個性強烈，兩眼炯炯發光，留著紅胡須，無怪乎被稱為「改教運動的伊萊賈」。
加爾文親自描述了那個重要夜晚所發生的戲劇性事件：「法惹勒為著福音的推展心中極其火熱，竭盡所能地挽留我。當他發現我定意閉門讀書，遠離其它工作時，既然懇請無效，就開始求神咒詛我的退修，打破我讀書的平靜──如果在需要是如此急迫的情況裏，我還要退修且拒絕給予幫助的話。我被這樣的祈求嚇著了，遂停止前行的計劃。」
法惹勒和加爾文很快就完成了日內瓦的改教運動，羅馬天主教被逐出該城，是年(即主後壹五三六年)五月壹日人民投票表決，接納新教統治該城，以福音為生活準則。
(四)在日內瓦的偉大事工：有個意大利的貴人到日內瓦，曾寫信告訴他的朋友說：「我參見改革的教會很多，從沒有見過像日內瓦這樣好的。每逢禮拜四日，牧師和十二個長老，聚會壹次。凡被人控告，言語、行為，對於神和基督教的『信經』失敬的那種信徒，壹律都召來加以斥責；他們本著聖經、用仁愛、溫柔的話，勸人歸依真理。平時這城裏很有趣味的景況，就是每天下午有人講道。當搖鈴的時候，家裏鋪戶都關上門，街上的朋友或行人，都停止談論他們的事業，分途到鄰近的禮拜堂；由衣袋裏拿出壹本小書，裏面寫著戴維的詩篇和詩篇的唱譜。他們的聖餐每年***有四次。舉行聖餐時，牧師應有的手續，就是在發聖餐的禮拜日前壹禮拜，劃分全城為幾部分，並跟董事部的長老從這家到那家，逐壹地問信徒論這聖禮的重要，仿佛父親教導兒子壹樣。又勸那沒有預備好的人不領此禮。凡良心有畏懼的，就再三的安慰他，使他明白神在耶穌基督裏是何等的慈悲。大小禮拜堂內，將壹切的異端和拜偶像的記號除去，只剩講臺、座椅，專以潔凈為要。昔日的修道士的住宅改作學校。學生所學的，除讀書、習字外，也學拉丁文、希臘文和希伯來文；尤以虔敬的行為，是學生特別學的。」
(五)加爾文與路德的異同：加爾文與路德在「預定論」的看法上壹致。他們都相信神已在萬世之前揀選了承繼永生的人；兩人都根據奧古斯丁及保羅書信發揮這項教義。
在崇拜的儀式上，加爾文與路德不同：路德盡量保留羅馬天主教的崇拜儀式，只要是聖經沒有禁止的事，他都保留；加爾文盡量遠離羅馬天主教的崇拜儀式，他只實行聖經所吩咐的事。然而他們二人均以講道為崇拜的主要項目；二人都為會眾預備詩歌本，只是路德著重聖歌，而加爾文偏重詩篇。
在教會行政上，加爾文與路德不同：路德準許政府過問教會；加爾文不承認政府在教會中有任何權柄，他甚至使教會有權幹涉政府；而且加爾文比路德更強調教會懲治。他們二人都顧念窮人，都在教會中安排執事，專做關懷貧民的工作。
他們二人都深信「每個人都有權自己讀經」。為了達到這目的，路德將聖經譯成德文，加爾文將聖經譯成法文；他們二人都是語言文字的專家，他們的譯文對本國的文字架構有不少貢獻。
他們二人都重視教育：路德本是威登堡大學的教授，同時也講道；加爾文本是日內瓦教會的傳道人，晚年時創辦了日內瓦學院，自己也成為該院教授。他們二人都強調信仰必須奠基在純正教義上，因此，二人都為信徒寫了信仰問答書(Catechism)。
在對聖餐的看法上：加爾文與路德及慈運理都不同。加爾文與慈運理都否認路德「基督的身體真正臨在餅和杯中」的看法；但加爾文又不同意慈運理「聖餐僅為紀念儀式」的看法；加爾文認為：「基督的靈真正臨在餅和杯中，信徒憑信心領受聖餐時，真正領受了基督，不是屬體的(bodily)，乃是屬靈的(spiritually)。」
加爾文和路德都堅信「唯獨因信稱義」的道理。對路德而言，「因信稱義」是教會站穩或跌倒的根據；對加爾文而言，「預定論」是教會的基礎。加爾文認為教會是壹切尚存與已逝的蒙揀選者之總和，環繞這蒙揀選者的外圍，建立著有形的機構，其目的是為人類的壹切關系而施行神的計劃。因為被召的人多，選上的人少(太廿二14)，外表的教會，當然要包括許多有名無實的基督徒，或未蒙揀選的人。
路德強調「人的得救」；加爾文強調「神的榮耀」。
(六)加爾文之死：從壹五四壹年九月至壹五六四五月，加爾文在此二十三年之中，殷勤工作，未稍間斷。在這個非常活動的時期中，有三個連續的階段，可分如下：(1)五年和平準備，壹五四壹年至壹五四六年；(2)九年可怕的沖突，壹五四六年至壹五五五年；(3)九年豐收的成果，壹五五五年至壹五六四年。加爾文改教的影響甚大。當他在日內瓦的時候，有好些人親到他面前，仿學他的規矩；他自己也用信函指導許多地方的教會。因此他的道理越傳越廣。英、荷、法、蘇格蘭諸國，都有人受了他的感化。壹五六四年五月二十七日的晚上，加爾文鞠躬盡瘁而死，享年五十五歲。他的標誌是「壹只手捧著壹顆火熱的心」；他的座右銘是：「主啊，我心為妳而獻，敏捷而至誠地！」加爾文的壹生，就是遵照這座右銘而活。