《中國生態學》是運用現代生態學的概念和研究成果，對中國古代生態學的整理和發展。它是在繼承中國古代生態思想成果的基礎上重新建立的生態科學體系。“中國生態學”和“生態學”既有密切聯系又有區別，是新的科學理論體系。“中國生態學”是中國特色的生態學理論，是對中國古代生態學理論的提升、運用和拓展。由於中國文化的特殊背景，其獨特的概念體系和思維方式賦予了“中國生態學”新的理論形態。她有壹些不同於當今“生態學”的新思想和科學概念，有獨特的科學理論和模型方法，有望為“生態學”開辟新的應用領域和應用價值，推動生態學理論的發展，擴大生態學的研究範圍，進壹步提高其科學地位。
我們認為，中西文化的理論思維差異主要體現在元氣論和原子論上，而中國傳統文化和中國傳統科學的最大優勢是整體論思想。中國文化獨特的思想優勢和中國古代科學獨特的研究方法是我們建立“中國生態學”的理論基礎。
“道”和“氣”是中國文化的基本概念，反映了中國文化的核心思想，但它們的科學意義壹直沒有得到很好的解釋。“壹陰壹陽謂之道”，“怒者也道”，這是古人的定義。在前人的基礎上，我們指出“道”和“氣”的概念不僅是哲學問題，而且是生態學原理。揭示其科學基礎，給其下科學定義，展示其科學意義(見第四章)，是中國生態學的核心問題，也是理論突破。我們認為，“道”即“整體”，“真”即“整體性原理”，是從整體上把握宇宙、自然、生命、生態、社會、生命的基本理論和科學方法。“氣”是能量和信息，基於“氣”概念的“元氣論”具有重要的科學意義，就像西方思想文化史上的“原子論”壹樣。原子論是壹種機械論思想，生命力是壹種整體論，原子論體現的是壹種靜態的分析思想，生命力體現的是壹種動態的綜合思想。“原始能量”論是壹種生態觀(以前是“有機整體觀”)，而“原子論”是壹種非生態的物理觀。我們把元氣論、整體論和道統論作為中國生態學的基礎理論(第五章)，這是對“道”和“氣”科學內涵的初步生態學研究。根據中國生態學的理論特點，中國生態學的概念體系是聯系的、整體的。第四章通過對五行、八卦概念的分析，討論了中國古代漢語和古代科學的壹些重要特征，重點討論了“金木”、“山水”、“乾坤”等基本概念的模式特征和科學意義。
在當代生命科學中，分子生物學和生態學代表了兩個主要方向。基因組學和蛋白質組學是當前分子生物學革命的核心，而系統生態學是生態革命的核心。中國古代倡導的整體性原則是現代生態學的核心思想。現代生態學的“顛覆性”特征意味著她對人類的影響是深遠的。從生命的整體性特征來看，只有從生態學的角度才能真正理解生命的本質。(第二章)。然而，現代生態學和生命科學都陷入了極其嚴重的困境。還原論和整體論之間的深刻矛盾以及科學方法論中根深蒂固的機械論傳統影響，使我們難以理解生命的本質。因此，迫切需要建立真正科學的“系統論”和“整體論”的理論方法(第二章)。眾所周知，“中醫”是整體論的典型，這是中國古代科學方法的優勢。該書廣泛應用了中國古代科學中的整體論，其特有的科學方法和模型方法是中國生態學分析問題的利器。
中國的生態觀察和生態思想有著非常悠久的歷史傳統。在許多方面，生態思想滲透在中國古典詩詞和繪畫中，生態問題十分突出。例如，我們在第八章中有更多關於詩歌的討論，這表明了古代生態思想對中國文學的特殊影響，並賦予了它獨特的科學內涵和價值。中國古代生態是中國文化的不朽靈魂。中國文化的生態性給中國人增添了無限的想象力和永恒的思想活力。中國傳統文化的生命力是中國文化經久不衰的根本原因，也是中華民族生生不息的內在動力。
中國大地具有特殊的地理氣候特征，背靠世界屋脊青藏高原，面向世界上最大的海洋，有適宜農耕的廣闊草原、河流和平原，有養育珍禽異獸的熱帶、亞熱帶和溫帶森林，有典型而強大的穩定季風，將春夏秋冬與東南西北緊密聯系，寒流來襲，風雨隨時，日月互推，四季交替，山川起伏，日月同輝”。這就是陰陽學說、五行學說、八卦學說、周易的背景。四面八方、五行、九州都有明顯的生態差異，為陰陽五行模型和陰陽八卦模型的建立提供了觀察對象和思維基礎。