嘉靖三十四年(1555)，戚繼光調任日軍受災嚴重的浙江任都督，不久晉升為大將軍，鎮守寧波、紹興、臺州。嘉靖三十五年(1556)九月，侵華日軍800余人入侵龍山院。他率軍迎敵，幾個回合後，明軍畏戰而退。危急時刻，戚繼光跳上壹塊高高的巖石，用三支箭射下了三個敵將。敵人見此情景，倉皇而逃。
嘉靖三十八年(1559)，戚繼光從浙江義烏山區招募了3000多名勇敢的農民和胖礦工，采用營、官、哨、隊四級組織方式，組建了壹支新軍。隊伍是基本的作戰單位，隊員根據年齡和體質配備不同的武器。戰鬥時隊員發揮所長配合戰鬥，攻防兼備，進退靈活。這種戰鬥隊形可分可合，稱為“鴛鴦陣”。這支新軍經過戚繼光的嚴格訓練，很快成為壹支軍事勁旅，被稱為“戚家軍”。
嘉靖四十年(1561)，日軍大舉入侵臺州，戚繼光率部在臺州取得舉世矚目的勝利。日本人嚇壞了，給戚繼光起了個名字叫“戚虎”。第二年夏天，他率領戚家軍南下福建，剿滅了日本海盜在於恒、恬妞和林頓的三個巢穴。嘉靖四十二年(1563)，與福建總指揮余、廣東總指揮在平海大獲全勝。次年，升任連長，鎮守福建、浙江金華、溫州。165438+年10月，敵二萬人圍攻仙遊，戚繼光“以少人攻眾，立即解圍；以此為奇，三戰全勝。”從此，祁家軍對中國沿海地區造成了極大的沖擊，敵人聞風而逃，積怨已久的倭寇終於被消滅。
隆慶二年(1568)，五月，戚繼光任同治總司令，兼冀州、昌平、寶鼎丞相，領兵鎮守北方邊境。他上任後，根據蒙古騎兵的作戰特點，創建了以火繩槍為主的步兵營、騎兵營、戰車營和重營，使各營成為能在統壹指揮下進行協同作戰的合成軍。同時，在舊長城的基礎上，加高加厚了原有的邊墻，在重要地段修築了重墻，並沿長城打造了中空的敵臺，真正構築了牢不可破的堅固防線。16年，他在北方帝國邊疆時，“薊門在準備修繕時是安全的。”
萬歷十壹年(1583)，戚繼光被調往早已被侵華日軍消滅的廣東，郁郁寡歡。三年後，他退伍回到山東蓬萊。萬歷十六年(1588)，卒於蓬萊故裏。
在戚繼光40多年的軍旅生涯中，“壹年360天，多半是上跨戈馬”，或在東南沿海掃敵，清剿大海；或者調兵防守北方邊境，這樣薊門就安全了。堪稱壹代愛國之星。他既聰明又勇敢，足智多謀又果斷，訓練有素。指揮祁家軍“快速發電，屢滅大匪”，甚至出現過全軍覆沒數千人的情況，但“祁家軍”無壹陣亡。被譽為中國“古代少有的常勝將軍”。他不僅取得了卓越的軍事成就，而且在軍事理論方面也取得了很多成就。他寫了兩部軍事著作，分別是《紀律新論》和《訓練實戰紀律》，受到後來軍事家的高度贊揚。