1、詞義不同：“暗通款曲”意為私下進行不正當的勾當或接觸，而“暗通曲款”並不存在這個意思。
2、用法不同：“暗通款曲”是壹個成語，而“暗通曲款”並不是壹個常用的成語，在某些方言或口語中存在，但正規文獻中較少使用。