1、含義不同：“魚龍混雜”比喻好人和壞人混雜在壹起。而“魚目混珠”用來比喻以假亂真，以次充好，它適用的對象壹般是物（事），不是人。
2、出處不同：“魚龍混雜”出自唐·張誌和《和漁夫詞》，而“魚目混珠”出自晉·盧諶《贈劉琨》。魚龍混雜，漢語成語，意思是形容好人和壞人混在壹起。出自唐·張誌和《和漁夫詞》。魚目混珠（拼音：yúmùhùnzhū）是壹個成語，最早出自於漢·魏伯陽《參同契》。