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實現批量操作?

要實現該功能,您可以編寫壹個Python腳本,使用第三方庫(如pandas和requests)自動讀取Excel表中的網址,下載相應的FASTA文件並保存在本地。以下是壹個簡單的腳本示例:

首先,確保安裝了所需的庫:

pip安裝pandas openpyxl請求

然後創建壹個名為download_fasta.py的Python腳本並輸入以下代碼:

導入操作系統

進口熊貓作為pd

導入請求

def download _ fasta(URL,輸出文件名):

response = requests . get(URL)

如果響應狀態代碼== 200:

使用open(output _ filename,‘w‘)作為文件:

文件。寫入(響應。文本)

否則:

打印(f“錯誤{response.status_code}:無法下載{url}“)

def main():

excel _ file =‘example . xlsx‘?#您的Excel文件名

URL _ column =‘A‘?URL所在的列

output _ dir =‘fasta _ files‘?#用於下載FASTA文件的文件夾

OS . make dirs(output _ dir,exist_ok=True)

df = PD . read _ excel(excel _ file,engine =‘openpyxl‘,usecols =【URL _ column】)

對於索引,df.iterrows()中的行:

url =行【0】

output _ filename = OS . path . join(output _ dir,f‘fasta _ { index+1 })。fasta’)

下載_ fasta(URL,輸出_文件名)

打印(f“下載{url}到{輸出文件名}“)

if __name__ == "__main__ ":

主()

確保用您的Excel文件名替換example.xlsx,並用相應的列名替換URL所在的列。該腳本將創建壹個名為FASTA_files的文件夾,並將從每個網站下載的FASTA文件保存為fasta_1.fasta、fasta_2.fasta等。

運行腳本:

python download_fasta.py

該腳本將自動讀取Excel表中的網址,從每個網址下載FASTA文件,並將其保存在fasta_files文件夾中。請註意,該腳本假設所有URL都是有效的FASTA文件鏈接,因此在實際使用中可能需要根據您的需求進行調整。