本書不僅詳細考察了過去本草學中的壹些錯誤，而且綜合了大量的科學資料和臨床經驗，提出了較為科學的藥物分類方法。《本草綱目》融入了先進的生物進化思想，被國外學者譽為中國醫學百科全書。
那麽既然《本草綱目》中記載了如此豐富的藥理知識，為什麽《本草綱目》中記載的藥物卻又如此完整和詳細呢？只能說《本草綱目》充分展示了明代以前中國對藥物的研究成果，在當時的中國醫學界乃至世界醫學界都是非常先進的。然而，隨著西醫的迅速發展，《本草綱目》中記載的藥理知識可能不符合實際需要。畢竟《本草綱目》是壹本主要講解藥理的書，而不是壹本講解如何操作、如何操作的教科書。
目前，西藥藥物有數千個品種，分類繁多而復雜。不可能在壹本書或兩本書中完全包括所有藥物。恐怕有必要建立壹個相當完整的數據庫來包括所有的藥物。