拜仁從1921開始使用隊徽,但當時的符號只有字母F.C.B和M,後來逐漸演變成被代表勝利的月桂花包圍的字母。隨著時間的變化,月桂花環被代表勝利的月桂花冠所取代。
自1954起,俱樂部采用紅底白字加花環白方塊的俱樂部標誌。紅色和白色是俱樂部的顏色,而藍白相間的小方塊是慕尼黑這個自由城市的象征。本來俱樂部後面的E.V是協會的標誌,但是從2002年2月開始,因為俱樂部改組為股份公司,所以FC Bayer Munchenev的最後兩個字母EV被取消了。