在祖母的支持和幫助下，康熙壹方面避免與鰲拜對抗，另壹方面保持低調，專心學習管理世界的技巧，尋找合適的時機斬斷鰲拜。
1667年6月，索尼去世。十二歲的康熙決心廢除四臣輔政制，實行親政。7月，儀式舉行。然而，康熙雖然親自執政，但原有的輔助政治制度未能改變。為了使康熙能夠盡快領導政府，迫使齊巴畢隆和鰲拜交出權力，蘇克薩哈在康熙領導的第六天就要求退休。康熙還沒來得及回應，鰲拜和羅誌就以24項罪名誣陷蘇克薩哈，並強迫康熙將他處死。除掉蘇克薩哈後，鰲拜變得更加肆無忌憚，朝廷的壹切政務都由他決定；對於康熙皇帝的壹些詔令，他也敢於公開抵制。這些使康熙意識到是時候切斷鰲拜了。康熙考慮到鰲拜的親信遍布朝野，決定設計鏟除。
康熙壹方面在表面上麻痹了鰲拜，另壹方面又挑選了壹批身強力壯的少年來練習進攻的藝術。1669年5月，康熙決定采取行動。他先是派鰲拜的心腹以各種名義削弱鰲拜的影響力，然後又派人在宮中捉拿鰲拜。此後，鰲拜的黨羽也相繼被捕。
他寫了壹封信說:“鰲拜對彜族無知而真誠。特思久服，立功，而死，籍貫未拘。”換句話說，鰲拜因多次立功而免於死刑和無期徒刑。不同的懲罰也給了它的黨羽。與此同時，蘇克薩哈復職。這項措施穩定了清朝。康熙斷絕鰲拜後，廢除了輔政制度，收回了朱批的權力。從那以後，我真的開始親政府了。
康熙時代
康熙上臺後，滿語相對穩定。然而，國內形勢仍然非常危險。南方的三藩割據，西北的噶爾丹之亂，臺灣省的鄭割據等。，都是在康熙面前。康熙憑借自己的勇氣，在賢臣的協助下，創造了壹個盛世王朝。
在治國的基礎上，康熙選擇了儒家。康熙從小對儒學感興趣，認為“超凡的正義感無窮無盡，樂此不疲”(《康熙舉舉註》卷1第80頁)。康熙十六年十二月，在帝制《日釋四書序》中，明確宣布清廷將統治制度與道統融為壹體，以儒學為治國之本。康熙皇帝的這種態度，給清朝持續幾十年的文化之爭(也是治國之爭)帶來了壹個圓滿的結局。
但篤信儒家的康熙，受到了祖母和佛教的影響。每當天下有難，康熙往往被視為對掌權者的警示。比如康熙十八年發生地震，康熙就寫了壹封信，說“我不德，政不和，故警震。”所以需要臣下自省，坦誠相待。康熙二十六年，大旱。康熙在聖旨中說，這都是他沒有爽德，“不能上天”造成的。
政治上，康熙進壹步加強了皇權。他說“天下諸權應統壹為壹”(《清聖祖實錄》卷二七五，康熙五十六年十壹月韋辛)，“天下壹切事務為我所有，無借。如果把重要的任務分配給人，那是永遠行不通的”(《清聖祖實錄》卷284，辛亥，康熙四月五十八)。為此，他壹方面采取強有力的措施，通過各種手段限制滿清貴族的權力，如剝奪各旗王公幹預旗務的權力，打破“軍為舊王立功”和統壹征伐軍隊的傳統，削弱議王事會議的政治影響力。另壹方面，康熙親自掌控用人權和獎懲權，不允許大臣幹涉；並設置了秘密播放系統，廣泛觀察情況。這壹規則被雍正皇帝和乾隆皇帝繼承和發展，並為清朝其他皇帝所用。
康熙帝在加強皇權的同時，也著手改善滿清的官僚政治制度。有兩個現象值得特別關註:壹是康熙九年八月，內三院改為內閣，此後內閣作為清朝的法定中央政府和官僚政治的重要標誌，壹直穩定存在到清末；第二，康熙二十三年，開始編纂《清惠殿》。這是清朝第壹部重要的政治法典。《大清正典》完成於康熙二十九年，卷***162。從此，清朝官僚政治的運行基本上有法可依、有章可循，初步實現了政治運行的規範化。
在用人上，康熙任用了壹大批敢於直言的清官。比如康熙二十六年，康熙說:“堯舜時代，朝廷講和，但兢兢業業，不敢說已自治。漢文帝也是古代賢明之君，賈誼仍指陳得失，直言進諫。然今雲為聖賢大臣之主，不缺政治。國家沒毛病吧？”他要求大臣們獻身於自己的事業，像對待自己的家壹樣對待國家大事。
經濟上，康熙認為“家財萬貫，後人相助”。他在繼續采取輕稅重民生政策的同時，也采取了壹系列措施，體現了他的仁慈。壹是廢除“地圈令”，即廢除荊州縣附近滿族貴族圈的特權，土地分給百姓耕種；康熙在聖旨中說:“民從背後占私房者，永停，今年圈起來者，令其還於民。”第二，填海工程的免稅時間將會延長。清初規定三年內填海免稅，後改為六年；康熙十二年，重申新開墾的土地十年後征稅。這壹政策激發了農民開墾的積極性，耕地面積迅速增加。第三，實行更名政策。對於農民耕種的原本屬於明朝宗室的土地，康熙下詔農民照常耕種，不交地價。“原種子，任其培育”，永遠為天下業，謚號“改名田”。這些農民成了自耕農。這壹政策將直隸、山東、山西、湖廣、陜西、甘肅等地的棄田變為私有土地，出現了大量的自耕農。第四，改革稅制。1646年(順治三年)，清廷開始編纂《傅府全書》，1657年(順治十四年)完成。從1685(康熙二十四年)到1687(康熙二十六年)，整本書的田賦尾數被刪除，重組為簡明的稅役書。為了防止地方官濫征稅款，保證國家的稅收收入，催稅的方法也在不斷變化，如從“單票”到“串票”(二、三、四等串票)，再到“滾動單票”。
此外，康熙還十分重視水利建設，大力修黃河，最終將“恢復黃河故道”，暫時緩解了多年來黃河中下遊及沿淮地區的水患威脅，保證了百姓的耕種。
軍事上，初步形成了抑平兼施的方針，即“亂則譴責，治則綏靖”(《清聖祖實錄》卷180，康熙二月三十六日，壬寅)，“倚天而降，屈尊人情，用兵不得已”(《皇族平定北方大漠方略序》)。康熙認為:“皇帝以自己之根治天下，不獨恃障礙”，“保家之道，必在修德守民，民心必樂，邊關固，故所謂統壹也”(《清聖實錄》(卷151，康熙三十年五月)。為了維護國家統壹，康熙平定三藩之亂；遏制俄國擴張，簽訂中俄《尼布楚條約》。武力平定臺灣省鄭氏家族，臺灣省回歸。康熙還親自進軍新疆準噶爾，打敗噶爾丹，使蒙古土爾扈特歸順清朝。
文化上，康熙強調提倡倫理道德。康熙十八年，他寫了壹封信說:“聖旨之世，不止壹，不止三。建倉充足倫理昌盛，水旱平安。與文相比，他根本不知道自己的積蓄。每次他壹句對不起，他的率就會動。夫興則興於民，食則用禮，而善治則靠之。”
在康熙的倡議下，他編纂了4.9萬多字的《康熙字典》和180卷的《清代正典》、106卷的《裴賦》、120卷的《歷代題畫詩》、900卷的《全唐詩》，還策劃了1萬卷的《古今圖書集成》。
在與邊疆少數民族的關系中，康熙帝主要是安慰和加強邊疆少數民族對滿族的向心力。比如，圖爾庫特蒙古雖然被沙俄控制，但仍向中央交心，多次派人進貢。