最早提到巴什基爾人的歐洲文獻是喬安妮·德·普萊諾·卡皮尼和威廉·盧布魯克的作品。他們在烏拉爾河上遊遇到巴什基爾部落,說他們的語言和匈牙利人壹樣。
在13世紀蒙古人到來之前,巴什基爾人是壹個強大而自由的民族,威脅著他們的鄰居博加爾人和佩赫涅人。但是到了1552年喀山汗國滅亡的時候,他們已經變成了壹個弱國。1556年,他們自願承認俄羅斯的統治地位。1574年,俄國為保護他們免受哈薩克汗國的侵害,建立了烏法,並要求巴什基爾人向俄國繳納皮毛作為稅收。金帳汗國時代被蒙古人統治,東北被西伯利亞汗國統治,其他時期被諾蓋和喀山汗國統治。
1676俄羅斯巴什基爾起義,而且俄羅斯花了很大力氣才平息了這次起義。1707俄羅斯巴什基爾人因為俄羅斯軍官的辱罵再次起義。1735年,奧倫堡建城時,俄國巴什基爾人第三次起義,歷時六年。
1774年,俄羅斯巴什基爾人支持葉米裏揚·普加喬夫起義,其軍隊在俄羅斯巴什基爾貴族薩拉瓦特·尤拉耶夫的領導下作戰,但失敗了。最後壹個俄羅斯巴什基爾汗被小玉的阿布勒海爾汗俘虜,阿布勒海爾汗的兒子就是俄羅斯巴什基爾汗。
1786俄羅斯巴什基爾人獲得了免稅權。1798俄羅斯從俄羅斯巴什基爾人那裏招募了壹支非正規軍。至今,俄羅斯的巴什基爾人仍有土地糾紛。