98版是在86版的基礎上改進的，兩者之間的關系是兼容與不兼容。98編碼法和部首拆分更合理，重碼率也低，但86版練五筆不慢。很少有人用98版的吳彼，98版的吳彼輸入法也不多見。我用過98，也用過何海峰的吳彼。換成win7後，沒有找到支持64位win7的98吳彼。後來下載了小鴨，換了個98碼表就能用了。如果妳是新生，建議讀98。
另外，86版在GB中只能處理6763個簡化字，98版在GB中可以處理6763個簡化字，在港澳臺可以處理13053個繁體字，在中日韓大字符集可以處理21003個字符。