1，商標侵權刑事案件的立案標準是:
（1）非法經營數額在5萬元以上或者違法所得數額在3萬元以上的；
（二）假冒兩個以上註冊商標，違法經營額三萬元以上或者違法所得二萬元以上的；
（三）其他嚴重情節。
2.法律依據:《中華人民共和國商標法》第六十條
有本法第五十七條所列侵犯註冊商標專用權行為之壹，引起爭議的，由當事人協商解決；不願協商或者協商不成的，商標註冊人或者利害關系人可以向人民法院提起訴訟或者請求工商行政管理部門處理。
工商行政管理部門認定侵權行為成立時，應當責令立即停止侵權行為，沒收、銷毀侵權商品和主要用於制造侵權商品、偽造註冊商標標識的工具。違法經營額5萬元以上的，可以處違法經營額5倍以下的罰款，沒有違法經營額或者違法經營額不足5萬元的，可以處25萬元以下的罰款。五年內實施兩次以上商標侵權行為或者有其他嚴重情節的，從重處罰。工商行政管理部門責令銷售不知道是侵犯註冊商標專用權的商品，能夠證明該商品是自己合法取得並說明供貨者的。
對侵犯商標專用權的賠償金額有爭議的，當事人可以請求工商行政管理部門調解，也可以依照《中華人民共和國民事訴訟法》向人民法院起訴。經工商行政管理部門調解後，當事人未達成協議或者調解書生效後不履行的，當事人可以依照《中華人民共和國民事訴訟法》向人民法院起訴。
二、侵犯註冊商標專用權的行為有哪些？
侵犯註冊商標專用權的行為包括:
1.未經商標註冊人許可，在同壹種商品上使用與其註冊商標相同的商標的行為；
2.偽造或者擅自制造他人註冊商標標識或者銷售偽造或者擅自制造的註冊商標標識；
3.銷售侵犯註冊商標專用權的商品。