在日本海盜勢力鼎盛時期，他們的活動範圍遠至東亞甚至內陸地區。日本海盜的構成不限於日本海盜，但由於這些海盜最初來自日本（當時稱為日本），他們被統稱為“日本海盜”。
後期由於日本國內政局的變化和政府的控制，日本人在海上搶劫船只的事件有所減少。相反，來自中國和朝鮮的海上商人和海盜繼續按照日本人過去搶劫的方式對東海進行破壞，他們也被歸類為日本海盜。
相關爭議
東亞國家的歷史學家對日本海盜有不同的定義，日本學者為了區分，將其分為“前日本海盜”和“後日本海盜”。
《中國歷史大辭典》認為日本海盜在明朝騷擾中國沿海地區。日本明史專家山根幸雄認為，後期日本海盜的主體是中國的中小商人，日本海盜的最高頭目是徽商知望。研究日本海盜的專家田中健夫認為，包括日本海盜在內的海盜團夥正在朝鮮半島、中國大陸沿海地區和內陸地區以及南亞活動。
中國和朝鮮稱他們為“敵人”，這原本是“日本侵略者”或“日本小偷”的意思。但是，由於時代和地域的不同，其含義和內容是多樣的，因此不可能將敵人視為壹個連續的歷史事件。中國臺灣省學者吳大新認為，倭寇應該屬於中國明代華南地區的社會史，而不屬於日本侵略。