根據煙臺市林業局、自然保護區等部門提供的資料，結合考察隊的實地考察，自然保護區內共有維管束植物126科497屬997種（含73變種、11變型和8亞種）。其中，國家ⅰ、ⅱ級保護植物5種，列入《瀕危野生動植物種國際貿易公約》5種，“山東省珍稀瀕危植物”31種，其中山東特有植物9種，列入《中國珍稀瀕危植物紅皮書》5種，中國特有植物10種。
根據進化程度，自然保護區的維管植物分為蕨類植物、裸子植物和被子植物。詳見表5-2。
表5-2維管植物科、屬、種統計表
2.植物群
該自然保護區屬於泛北極植物區的中日森林植物亞區——華北遼東和山東丘陵亞區。
保護區地處沿海，氣候條件溫暖濕潤，地形復雜多樣。該區植物種類豐富，優勢現象明顯，特有物種眾多，分布類型多樣，地理成分復雜，古老而多樣。
3.重點保護植物
（1）國家重點保護植物
1999國家林業局、農業部9月公布的《國家重點保護野生植物名錄（第壹批）》顯示，煙臺自然保護區共有維管束植物5種，屬國家壹、二級重點保護植物，分別為結縷草、野生大豆、紫椴、銀杏和水杉，其中銀杏和水杉為栽培植物，保護區內也有壹些。詳見表5-3。
表5-3保護區國家重點保護植物名錄
列入《瀕危野生動植物種國際貿易公約》的植物。根據1973《瀕危野生動植物種國際貿易公約》，保護區內有蘭科植物5屬5種，見表5-4。
表5-4該地區瀕危野生動植物種國際貿易公約植物統計
中國珍稀瀕危植物紅皮書中的植物。據相關文獻記載，列入《中國珍稀瀕危植物紅皮書》的植物有五種，分別是刺楸、蒙古櫟、黃芪、補血草和杜仲。
②山東省珍稀瀕危植物
根據《山東省珍稀瀕危保護植物》中“山東省珍稀瀕危保護植物”的建議，山東省共有“建議”珍稀瀕危保護植物31種。其中瀕危物種10種，珍稀物種21種。詳見表5-5。
表5-5山東省珍稀瀕危保護植物統計
4.有可用資源的工廠
自然保護區地理條件優越，氣候類型多樣，可利用的植物資源和植物豐富。根據其性質和用途，資源植物可分為九大類:藥用植物、野生蔬菜資源、澱粉植物、油料植物、芳香油料植物、纖維植物、單寧植物、蜜源植物和觀賞植物。
藥用植物。其中，最具發展前景的有四種類型，分別是抗高血壓、抗腫瘤、冠心病和神經系統疾病。主要品種有杜仲、側柏、地榆、大棗、紫花地丁、遠誌和白花蛇舌草。車前草、石竹、玉竹、艾葉、茵陳蒿、藿香、金銀花、香薷、反枝莧、黃芩、藍列當、桔梗、紫蘇、連翹、益母草、丹參、苦參、半夏、香附、木槿、雪蓮和苦蕒菜。
野菜資源。據調查，保護區內有野菜200多種，其中可食用野菜約120種，營養豐富、已被人們作為蔬菜食用的最常見種類約100種，分為6大類。（1）莖和芽:櫟屬。、枸杞、天女草等。②葉類蔬菜:馬齒莧、地膚子、豬毛菜、鴨跖草、播娘蒿、茵陳蒿、韭菜、薺菜、滿天星、仙鶴草、馬蘭、委陵菜、土豆、諸葛菜、薄荷、藿香、莧菜。等。③花椰菜:芙蓉花、野薔薇、石竹、黃花菜等。（4）果蔬類:白首烏、枸杞、茅莓、龍葵等。⑤香菜:水芹、薄荷、藿香、紫蘇等。⑥根莖類:牛蒡、玉竹、桔梗、黃精等。
澱粉植物。澱粉植物作為谷物澱粉的重要補充，可廣泛應用於各行業，如紡織、醫藥、釀造、石油等部門，並常被用作粘合劑、礦物加工劑、石油開采和地質勘探的沖洗液。有潛力的植物主要有殼鬥科、禾本科、天南星科、薯莨科等科，比較重要的有櫟屬、栓皮櫟屬、櫟屬和糜子屬。
油性植物。含油植物不僅是人們日常生活的必需品，也是重要的工業原料，可廣泛應用於醫藥、造紙、化工、橡膠、塑料等領域。自然保護區主要有油松、赤松、黑松、榆樹、國槐、黃連木、五角楓和鼠李等。
芳香油料植物。芳香油是壹種主要含有萜類化合物的復雜化合物，通常含有50多種化學成分。它是植物新陳代謝過程中形成的次生物質。它具有揮發性強、香味濃的特點，廣泛應用於飲料、食品、日化、醫藥等工業部門，也是重要的出口物資。這類植物主要是唇形科、蕓香科、柏科、馬鞭草科和菊科。主要有側柏、黃荊、荊條、甜椒（百裏香）、黃花蒿、薰衣草、香茅、月見草、丁香、紫丁香、紫椴、刺槐、黃連木、杉木、香忍冬等。
纖維植物。纖維植物是造紙、編織、紡織等的重要原料。此類植物保護區數量多、分布廣，特別是禾本科、桑科、蕁麻科等。如:苧麻、防己、桑葚、紫穗槐、菖蒲、荻、蘆葦等。
單寧植物。栲膠植物又稱鞣制植物，是提取栲膠的原料。栲膠是制革、印染、軟化水等的化工原料。自然保護區單寧植物:木本植物如赤松、黑松、楓楊、板栗、栓皮櫟、國槐、臭椿、苦楝、鹽膚木等。草本植物如酸模、茜草、委陵菜等。
蜜源植物。蜜源植物含有大量人體必需的營養物質。蜂蜜、蜂蠟和蜂乳等產品也是食品、醫藥、電信、紡織、國防和出口的重要物質。保護區內蜜源植物種類多、花期長，為養蜂業提供了優良資源。根據蜜源植物的性質，可分為蜜源植物和輔助蜜源植物。木本蜜源植物，如連翹、大花溲疏、刺槐、黃荊、黃荊、胡枝子、酸棗、山楂、藍靛、臭椿、毛葡萄、南蛇藤、銀杏。小花、細葉榆等。草本蜜源植物如蒲公英、薺菜、丹參、紫花地丁、石竹、黃花菜、地榆、千裏光、烏蘇裏風毛菊等。輔助蜜源植物主要有大棗、榆樹、板栗、常春藤、糯米藤、紫花地丁等。
觀賞植物。經調查，保護區內共有觀賞植物90科350種。根據其觀賞價值和應用價值，可將其分為六大類:觀賞植物、觀賞植物、觀葉植物、垂直綠化植物、地被植物和草坪植物。①觀花植物:花色鮮艷，花朵美麗，花期長。如紅蓼、諸葛菜、唐松草。西伯利亞菊、大花溲疏、繡線菊、紅莓、刺玫薔薇、佩蘭、胡枝子和紫花地丁。丹參、月見草、杜鵑。錦帶花、瓊花、桔梗、黃花菜、黃精、百合、玉竹、牛膝等。②觀果植物:果實顏色鮮艷，形狀奇特，結果時間長。如楓楊、小花懸鉤子、花楸、南蛇藤、紫珠、櫻花、瓊花等。（3）觀葉植物:葉片翠綠欲滴，或葉片形狀奇特，葉片隨季節變化呈現鮮艷的色彩。根據人們觀賞植物葉片的角度不同，觀葉植物可分為五大類:蕨類植物、奇異觀葉植物、常綠觀葉植物、變色觀葉植物和肉質觀葉植物。如卷柏、石韋、酢漿草、鳳尾草、元寶楓、黃連木、爬山虎、水稻、女貞、女貞等。石血、扶芳藤、山麥冬、黃櫨、火炬樹、鹽膚木等。④垂直綠化植物:植物是匍匐性的，可以借助其他物體垂直生長，主要是藤本植物。如木通、刺玫薔薇、葛根、烏蘞莓、爬山虎、山葡萄等。⑤地被植物:植株矮小，叢生匍匐，花朵密集，壹至多年生。例如委陵菜、白頭翁、地榆、酢漿草、堇菜。、甜椒、海蛇尾、旋花、馬蘭和蒲公英。⑥草坪植物:植株耐踐踏和修剪或葉片長期呈深綠色的草本植物。如結縷草、狗牙根、大冰草、早熟禾等。