臺灣省主要城市居民沒有直接從漳州、泉州遷入；廈門大部分居民直接從漳州、泉州遷入。
早在17世紀明末清初的時候，就已經有大量的移民遷入臺灣省，所以臺南修建的相當早。而廈門的迅速崛起是在19世紀五口通商之後。
臺灣省由於交通、學制、電視、廣播發達，工商業、征兵、就業、就學帶來的人口流動和交流遠超福建，使臺灣閩南話內部差異較小，相互交流沒有障礙。雖然廈門話被稱為“閩南話的標準方言”，但其範圍僅限於廈門及其郊區，在人口和地域上還不如內部差異較小的臺灣閩南話。
廈門居民與泉州、漳州的聯系從未斷絕；而臺灣省與大陸居民的交往，如清朝的海禁、日治、民族對立等，幾乎沒有相互影響的機會。至於臺灣閩南話和廈門話本身的比較研究，學者們得出了壹致的結論:臺灣閩南話和廈門話雖然是由漳州話和泉州話混合而成，但混合的方式不同。其中，語音和語法差別不大，尤其是臺灣閩南話中，臺北話在發音上最接近廈門話。臺灣閩南話和廈門話的主要區別在詞匯上，大概是10%。這些詞之間的差異主要表現在以下幾個方面:
兩地自然或文化環境產生的獨特詞匯。如:河洛話中的大家林、再來米、九孔、華支、唐山等。
同壹事物或概念有不同的詞。比如“黑板”在臺語裏是“o -pang”，“O-p &；acirc我).“鈔票”在臺語中是“G &；icircn/g & amp；ucircN-piò)，廈門話是“紙字(chó a-lī)”...
有些詞有不同的意思。如:“伍佰(o -pe？h)“在臺語中，閩南語可以表示(壹)黑與白。(b)魯莽。如:伍佰說，伍佰做。廈門話沒有(b)的意思。再比如“古義(kó -ì √)”在臺語裏是“忠厚老實”的意思。除了這個意思，廈門話還有“暖心”的意思。
兩地漢語詞匯(普通話)的差異帶來的差異，表現在現代科技詞匯上。比如河佬話裏的“電腦”，在廈門話裏也可以叫“電腦”。臺灣閩南話中的“出租車”在廈門話中也常被稱為“出租車”。
由於歷史背景，臺灣閩南語有很多外來語，尤其是日語外來語，這是其他閩南語所沒有的。如:A(陸地面積單位，荷蘭語)、廣播(廣播，日語)、tha-tha-mih(榻榻米)、水路水(自來水，日語)等。(詳見下節解釋)廈門自19世紀中葉成為通商口岸以來，逐漸發展成為我國閩南的政治、經濟、文化中心，廈門話逐漸成為閩南的主導方言，取代早期的泉州話和漳州話，被視為閩南方言的代表。但日據時期至四五十年代，臺灣省內確實存在將廈門話作為臺灣閩南話標準語並加以模仿的傾向。但是，現在這個概念已經消失了。從臺灣省民間語言和媒體語言的自然使用，字典和教科書的編輯，似乎是使用臺灣閩南話，而不是廈門話。