植物中的單個細胞或由細胞連接成鏈、帶、團和輻射的群體漂浮或生長，生長的物種通常有凝膠狀的莖或包裹在凝膠狀的物質或管中。細胞壁由兩個嵌套的部分組成，它們被稱為瓣膜。矽藻的壹半被稱為上殼（外）和下殼（上皮）（內），上下殼都有壹個凸面，稱為氣門。側面或殼邊是兩片花瓣嵌套的地方，在1附近稱為環帶。上殼和下殼由果膠和二氧化矽制成，沒有纖維素。彩色載體1到大部分，小圓盤形，片狀。色素主要包括葉綠素a、c、β-胡蘿蔔素、α-胡蘿蔔素和葉黃素。葉黃素主要含有巖藻黃素，其次是藻黃素和甲藻黃素。海藻是橙色和黃褐色的。同化產物是海帶糖和油。1個原子核。植物體沒有鞭毛。精子有鞭毛，是絨鞭型的。
矽藻屬於食物鏈中的生產者。矽藻的主要特征之壹是矽藻細胞被矽質（主要是二氧化矽）細胞壁覆蓋。矽質細胞壁的結構和形態各不相同，但大多數呈對稱排列。這種排列可以作為分類和命名的基礎。