首先，過早建立首都已經失去了勢頭。
1853年3月20日，太平軍攻克南京，3月29日，楊率文武百官迎接洪秀全入城。於是決定建都南京，改南京為天京。建都問題壹直是壹個非常重要的政治問題。太平軍攻占武昌的時候，有壹個去向的問題。北入河南威脅清朝，東進金陵很可能形成割據局面。現在太平軍已經成功攻占南京，還有壹個何去何從的問題。如果以南京為根據地，然後出兵北上，戰略重點是推翻清朝，那麽太平軍就應該把精銳部隊和最有權威的將領集中到河南、河北、山東，兵將直指清廷。這是太平軍攻占南京的戰略選擇之壹。如果過早在南京建都，太平軍會以維護天京安全為目的，部署全部兵力，革命進攻階段停止，聲勢下降。所以把都城建在南京真的是兵家大忌。但這是出自洪秀全和楊的旨意。太平軍離開廣西後，出現了“以金陵為根基”的討論。楊認為，只要我們占領了南京，即使南京失敗，我們也能占領黃河以南。洪秀全多次稱南京為“小天堂”，並以“小天堂”為目標。可見，在建都問題上，洪和楊都有偏安、早享的想法。
恩格斯曾經指出:“在戰爭中，特別是在革命戰爭中，在取得任何決定性的勝利之前迅速行動，是壹個基本的法則。”(《馬克思恩格斯全集》1版第8卷第73頁)占領南京當然不是決定性的勝利。洪秀全和楊應稍作休整，迅速行動，率領主力渡過長江，在清軍聞風喪膽的情況下向江北推進。現在是三月，天氣轉暖，戰士們的生活很容易適應，皖北、山東等地饑民很多。太平軍到了，饑民也會以同樣的速度加入太平軍，局勢就會大大發展。京師天京之所以是個錯誤，是因為清政府還沒有推翻，革命進程正在快速發展，突然停止，給清廷留下了很大的喘息空間。清軍稍受沖擊後重整旗鼓，很快在南京城外設立江南大營，使得太平軍的作戰部署不得不以天京的安全為主要任務。太平軍在戰略上由主動進攻轉為被動防禦。太平天國的領袖們因為貪圖安逸，漸漸失去了革命野心。
第二，農民階級有先天的局限性。
太平天國帶有舊農民戰爭的烙印。農民階級的分散、保守、短視等問題在太平軍中表現突出。許多太平軍士兵出於需要參加革命，希望改變貧窮落後的經濟狀況。用太平天國著名軍人李秀成的話說，太平將軍號召“凡拜上帝者，不必懼逃”，可以“與家人同食”。這與老農民起義軍的動機是壹致的。很多太平戰士加入革命隊伍的時候，都是帶著當將軍、當宰相、當老婆的目的來的。太平將軍也用這些來鼓勵他們的士兵勇敢作戰。比如洪秀全在永安突圍的時候，就號召“男女將刀，同心大膽殺魔”，因為這樣做，我們就可以“脫盡情愫，金磚家容光煥發，高天享有大威望，最小最卑微的是綢緞，男人穿長袍，女人插花”。這樣的願望也出現在楊發出的通知中。為了實現這些不明確的目標，他們英勇奮戰，做出了巨大的犧牲。他們付出了沈重的代價，但最後總是失敗，這是歷史的規律，也是歷史的局限。
也正因為如此，即使是歷史上最輝煌的農民領袖，也只能按照封建國家的軌道行事。洪秀全本來想建立壹個新的王朝，壹個新的國家，但永安加冕為王時連壹個合適的名字都找不到，只好“從凡間殺雞儆猴”，把左夫、尤弼、領守等所有的司都封為諸侯，並據此制定了《太平禮儀》，規定各級官員的輩分和特權。洪秀全還在《天父詩》中公開宣揚封建道德中的三綱五常，說“唯媳婦無過，唯臣無過”。由於歷史和階級的局限性，政權形式壹旦沿著封建政權的軌道走下去，其性質發生變化，領導者的思想發生變化，就失去了對革命事業的支持。
第三，神權對皇權的影響導致了核心矛盾。
歷代農民起義往往披著宗教的外衣，即以上帝的意誌和形式組織動員群眾。比如張角以太平道為號召，朱元璋信仰白蓮教。但當這些宗教組織演變為農民起義，特別是農民政權建立後，或者農民起義領袖稱王稱帝後，壹般都放棄了宗教組織，集中力量進行奪取政權或發展革命力量的鬥爭。比如朱元璋稱帝後，白蓮教立即被取締，活動被禁止。而洪秀全在南京建都後，仍然依靠對神的崇拜，宗教權成為爭權奪利的工具。
洪秀全不僅是崇拜上帝的領袖，也是太平天國的國王。作為領袖，雖然享有至高無上的地位，卻失去了為天父天兄說話的權利。金田起義前，出於革命鬥爭形勢的需要，楊代表天父下凡，拯救了革命，洪秀全不得不承認。楊作為天父的代言人，可以隨時約束洪秀全。洪秀全作為天王，沒有實際權力。這使得楊的權力過大，導致洪秀全的權力無法集中的局面。其實洪秀全也不是沒有機會解決這個問題。如果在金田起義或永安加冕為王時就廢除了對神的崇拜，壹切職能都按照新成立的組織進行，楊代表天王造謠的資格自然就消失了，洪秀全作為天王的權力也就集中了。由於王權與神權並行，神權實際上是高於王權的，而神權又落到了大臣楊手中，這就必然導致洪秀全與楊之間的矛盾，他們之間的矛盾必然會延伸到其他大臣身上。
天京事變後，天雄前代言人肖朝貴在長沙犧牲，天父代言人楊在事變中被魏長輝殺害。所謂的人格化天父天兄本來就是壹個騙局，楊被害更是騙局的暴露，太平天國經歷了前所未有的信仰危機。正如恩格斯指出的:“宗教的第壹句話是謊言；當宗教在壹開始告訴我們某個人的壹些事情時，不就是把它說成是超人的、神聖的東西嗎？”(《馬克思恩格斯全集》第1卷第1頁第648頁)洪秀全向信徒灌輸上帝是“無所不在、全知全能”的。現在，當天父的代言人被別人攻擊和殺害時，他沒有顯示這些力量。人們自然不會像以前那樣相信所謂的上帝了。嚴重的信仰危機導致了分散主義的滋生，使太平天國壹步步走向谷底，難以力挽狂瀾。
4.腐敗從根本上動搖了太平天國政權的根基。
太平天國的腐敗與首都天京同時發生。雖然洪秀全曾經提出要建立壹個沒有欺淩和欺騙的公平世界，主張人人都是兄弟，所有女人都是姐妹的平等思想，但他從西方基督教教義中撿起來的東西，在洪秀全的思想中並沒有得到深化和消化。洪秀全很難將這些平等思想付諸實踐，只能按照封建王朝的等級制度，即太平禮制度規定的等級，來規定自己應該享有的待遇和特權。
洪秀全、楊占領南京後，以為可以立國，把享受和特權放在第壹位。洪秀全將兩江總督府改為天宮，全力修建天宮。天王府周圍有十余裏，內外城墻高數十尺。外面叫太陽城，裏面叫金龍城，裏面叫金龍殿，後面叫袁林，雕刻精美。東宮也是極巧極順眼。在革命成功之前，太平天國的領袖們大力修建宮殿，廣選嬪妃。洪秀全的妃子多達88個。洪秀全和楊住在宮裏，這是作為農民領袖的通病。問題是天王府不是指揮革命戰爭的中心，而是行使特權的神聖殿堂。朝天門外有大書曰:“各臣工，止於此，有信方準入，否則雪中有雲。”然而在木牌樓上，卻有“天子永垂不朽”、“和平統壹”之類的書。隨著壹道“停止”的敕令，洪秀全與眾大臣分道揚鑣。當年，生死與共的楊、魏長輝、石達開，不得隨意進出天王府。昨天的兄弟，今天的宰相，面對朝鮮的時候，都得站在朝外排隊，不能仰視洪秀全，否則就要被打死。洪秀全成了“懸於頭頂，萬民鹹”的封建皇帝。
楊是壹位才華橫溢的農民起義領袖。他在指揮戰爭、組織政府方面建樹頗多，為太平天國做出了不朽的貢獻。然而，建都南京後，楊的封建特權惡性膨脹。他壹到南京，就建造了壹座高大的宮殿。三年多來，他從未離開過南京，但在這座城市裏，他是壹切的唯壹主人。壹切軍務只和東寺大臣侯、李壽春等壹兩個人商量，嚴重脫離群眾。此外，他們的風格非常華麗。每次出門都被陳毅擡舉，不知道怎麽避。他們甚至用代“天父”來懲罰洪秀全，到最後，甚至發展成了“國璽萬歲”。為了顯示自己的特權，楊還設置了各種酷刑，如鞭笞、連枷杖、斬首、肢解等。甚至壹些高級將領如魏長輝、秦日剛和黃玉昆都受到了他的指責。楊的囂張跋扈使他與眾多朝臣結怨，也導致了洪秀全的不滿，最終釀成了壹場災難——天京事變:楊及其家人、部下和太平軍兩萬余名士兵被魏長輝濫殺。天京事變後，石達開回到天京，受到天京軍民的熱烈歡迎。滿清與石達開會談，管理政務。但洪秀全對石達開疑心重重，重用其弟王安福牽制“翼王”，意為“陰謀險惡”。在這種情況下，石達開帶領20萬士兵離開了天京。天京事變和石達開出走後，太平天國處境十分艱難。盡管後期經過陳玉成、李秀成等太平天國名將的努力，在軍事上略有起色，但畢竟缺乏力挽狂瀾的力量，最終壹步步失敗。
當然，太平天國失敗的原因是多方面的，比如清政府與外國侵略者的勾結，太平天國的殘酷鎮壓。需要明確的是，太平天國革命雖然失敗了，但不能否認它對近代中國的積極作用。在近代中國，它首先執行了中國人民反帝反封建的歷史使命，是中國近代革命史的重要組成部分。它與義和團運動和辛亥革命壹起，構成了中國人民反帝反封建的幾次高潮。此外，主張對外開放，發展國內商業和對外貿易，在壹定程度上突破了舊農民戰爭的局限性，客觀上推動了中國的現代化進程。