他執政是為了維持局面，調和皇帝與官員的矛盾，所以被視為第壹只老鼠的兩頭。
十九年，他試圖調解萬歷皇帝和嚴觀在建水庫的糾紛，卻被嚴觀瓦解，辭職回蘇州隱居。晚上退隱居士，著書贈集閑堂，參與萬歷年間《明典》翻新工程。死於萬歷四十二年，賜姓，封為文定，葬於吳山楊。
說他的作品和他自己的壹樣好，他的詩和他自己的壹樣。可以看出，在他的政治生涯中，申時行既沒有取得多大的成就，也沒有犯什麽明顯的錯誤。就連詩歌、書法、文采都毫不起眼。
按說，這樣壹個能力和水平出眾的人，是很難在公務員隊伍中藏龍臥虎的。申時行為什麽在事業上取得成功？原來他是萬歷幼時的老師。此外，張變法期間，保守派被罷官貶謫，被張芝以無為而知。
1582年，萬歷皇帝19歲，申時行47歲。也是在這壹年，張死了，繼位。不幸的是，張四維上任不到壹年，卻因父親而暫時離職去世。次年，張四維病重，很難加入這個職位。當時，除了申時行，幾位受人尊敬的大學生都得了重病。在這樣壹種無奈的情況下，申時行正式成為了這個朝代的首輔，他是壹位偉大的大臣。
其實這壹切看似巧合，其實這壹切都不可逆轉。申時行性格溫和，沒有權貴的傲慢，也沒有恃強淩弱的惡習。這種性格促成了他的成功，也導致了他的失敗。
張死後，留下了許多無法彌補的錯誤。申時行成為太史公後，整個國家事務需要管理，壹些制度需要改革。但這壹切都離不開記錄與皇帝的配合，也離不開與文官集團的協調。此時萬歷皇帝對張的逆反心理在美國的任用和記錄上還是很重的，文官集團強大。萬歷年間，中國有幾萬公務員，僅在京都工作的就有幾千人。這是壹個龐大的群體，這些人直接決定了大明的命運。因此，可以說申時行對夾板非常生氣。也許就像風箱裏的老鼠——兩頭受氣。
有鑒於此，申時行采取了溫和治理的方法。作為壹名助手，他的主要工作是協助政府，幫助皇帝對政治事務提出建議，挑選有能力的官員為國家服務。從理論上講，皇帝要真正執行壹項政策，不僅要聽侍郎的，還要參考其他文官的意見。因此，他認為奉行中庸之道是明智的。後來為了討好萬歷皇帝的愛好，發明了留宮法，受到萬歷皇帝的高度重視。後來，他自己也經常利用職權徇私舞弊，以權謀私，組建黨派，打擊異己，得罪了很多官員。
十九年後