晉江的水質惡化了。

根據《福建省水資源公報》2001水質評價，晉江流域符合二級標準的河段長度為13km，占評價河段長度的7.6%，分布在安溪至時永站之間。水質符合ⅲ類標準的河流長度為75km，占43.9%，主要分布在安溪站上遊和石碣站下遊。汙染河流長83km，占48.5%，主要分布在永春縣上遊和南安市洪瀨河段。主要汙染物是氨氮和汞。

隨著人口的增加、城市化進程的加快和經濟社會的發展，晉江的水質仍然呈現出不斷惡化的死狀。2004年晉江流域COD納汙能力為97.30t/d，控制排放量為77.33 t/d，目前實際納汙能力達到1.01.96t/d；氨氮汙染容量為4.135t/d，控制排放量為4.107t/d，實際汙染容量達到6.943 t/d，晉江流域主要汙染源有五大類，分別是化工源、居民生活源、煤礦源、錳鐵源和農業生產源。