孔融小時候聰明好學，機智善辯。每個人都稱贊他是個好孩子。當他4歲的時候，他能背誦許多詩歌和歌曲，並知道禮儀。他的父母非常愛他。有壹天，父親買了壹些梨，特意為孔融選了壹個最大的梨。孔融搖搖頭，卻揀了個最小的梨說:“我是最小的。我應該吃小梨。把妳的梨給我哥哥。”父親聽到這個非常驚訝。讓孔融梨的故事迅速傳到曲阜。
孔融十歲時，隨父來到洛陽。當時著名的士大夫馬爾斯也在北京。如果來訪者不是名人或其親屬，門衛不會通知他們。孔融想看看馬爾斯是個什麽樣的人，就去拜訪他。他對守門人說:“我是火星的親戚。”看門人通知他後，馬爾斯見了他。馬爾斯問他:“妳和我是什麽關系？”孔融回答說:“過去，我的祖先孔子向妳的祖先老子詢問李周的情況，他受到老師們的尊敬。所以，妳我也是世交！”當時在場的很多嘉賓都對孔融的回答感到驚訝。中醫陳雲來到了火星政府。客人告訴他，他卻不以為然地說:“妳小的時候不壹定聰明，長大了壹定聰明。”孔融馬上反駁道:“那妳年輕的時候壹定要聰明。”陳雲無話可說。馬爾斯笑著說:“妳這麽聰明，將來會成為壹個了不起的裝置。”
東漢末年，宦官把持朝政，大肆搜刮殺害老實人，“黨爭之禍”此起彼伏。孔融的哥哥孔寶的朋友張儉因得罪太監後蘭而被通緝，於是張儉去找孔寶。可惜孔保不在家。孔融才十六歲。張儉沒有告訴孔融真相，因為他太小了。孔融見張儉狼狽不堪，便離開了張儉。後來，消息傳出，張儉逃走了，孔融和孔寶被捕入獄。孔融說，他丟下了人，他有責任；孔保道:“他來問我。這不是我哥哥的錯。”堅持認為他有責任；孔子說她是父母，她有責任。結果她拼了命。縣令猶豫不決，必須如實向朝廷匯報。最後皇帝判孔寶有罪，下令處死，孔融因此成名。縣裏幾次請他做官，都被他婉言謝絕了。
孔融在靈帝時“創立司徒楊辭賦”，開始步入仕途，主管彈劾貪官。豫州遷晉為將軍，派孔融前去祝賀，卻被拒之門外，留下彈劾案，當即辭職。布賴恩非常生氣，他秘密派劍士殺死孔融。沒想到，劍客對何進說:“妳名聲很高。如果將軍對他做了什麽，那些智者就會離開妳。不如趁這個機會，給他壹個喘息的機會，以示示範。”怕太出名，刀鋒提拔他為禦史。由於與鐘意見不合，孔融再次辭職。他被重新任命為空軍師，是聯邦軍的指揮官。上任三天後，他被提升為武士團司令。後來，董卓掌管國家大事，想廢黜趙迪。孔融和董卓吵得很兇，經常只是說說而已。董卓懷恨在心，被調去當辯手。後來孔融被發配到黃巾軍最猖獗的北海縣。
到北海後，孔融站起來演講。張饒討伐黃塔軍失敗後，被調到許諸縣保護。後來建城派，說明儒家推薦了壹些人，比如鄭玄、彭喬、李淵。他的官聲也很好。當時人們稱他為“孔北海”。在管亥的包圍下，他派太史慈去平原向劉備尋求幫助。劉備受寵若驚，立即派兵清場。這個時候袁紹和曹操的勢力越來越大。孔融知道袁紹和曹操最終會篡漢，所以他不想投靠他們。丞相左北海的祖宗勸孔融收袁紹或者曹操。孔融大怒，殺了他。建安元年，袁譚攻北海。城池被占後，孔融逃往東山，妻兒被袁譚俘虜。
獻帝獻帝建都許昌後，召孔融為師，升少府，太醫。孔融的言論往往與傳統背道而馳。他不僅多次反對曹操的決定，還多次當眾羞辱曹操，如反對恢復肉刑，嘲笑曹丕私下接受袁的兒媳甄氏，嘲笑桓，反對曹操禁酒等。再加上他對漢朝的忠心，最後壹次主張“古王制，千裏不用臣”，以增強漢朝的實權，嚴重觸怒了曹操。於是，2008年9月26日，55歲的曹操以招賢納士、圖謀不軌、誹謗朝廷、違抗上級命令等罪名，處決了孔融。
魏文帝曹丕非常欣賞孔融的話，並懸賞他的文章。他將孔融與、陳琳、徐幹、阮、、柳甄等六位作家相提並論，列為“建安七子”。孔融的文章以議論為主，其內容是教育民眾，主張仁政，推薦人才，評論民眾，直接發表對時政的看法。他們相當犀利，與眾不同。在藝術上，有序的語言優雅豐富，引經據典，議論當下，比喻精妙，氣勢豐富。他現存的作品只有散文和詩歌，被認為是中國謎語詩人的開山鼻祖。