武則天永昌元年(689年)，受洛陽之命的魏、張、郭正儀、袁等人，被酷吏周興誣陷，以“叛國罪”押上刑場。臨刑前，武則天銘記平定李(許飾)專案組叛亂的巨大功績，將鳳閣舍人王押赴刑場，迅速傳旨赦免。當赦免聲傳到刑場時，所有領頸待宰的人都歡呼雀躍。只有魏坐著不動，心平氣和地說:“如果妳不知道法令是真是假，妳怎麽能指望它呢？”等到正式宣讀完詔書之後，魏才緩緩站起身來，用作揖之禮向皇帝致謝。自始至終，魏都鎮定自若，觀眾都被感動了。後來，他被流放到貴州。
周興被處死後，魏又被重用，被任命為朝中大臣。回到朝廷的魏袁鐘雖然歷盡千辛萬苦，但依然沒有改變他不屈不撓的性格，因此被酷吏和官吏視為眼中釘肉中刺。長壽元年(692年)，賴君臣誣告他和狄等人企圖謀反，由酷吏侯思之負責審訊事務。面對他們的嚴刑拷打，倔強的袁鐘沒有屈服，再次被流放到其他地方。
在元年(697年)，在賴君臣被懲罰後，許多朝臣表達了對魏的不滿。珍視人才的武則天立即把她召回，委以肅政中丞(即石喻中丞)的重任。魏三次被判死刑和流放，但他不屈不撓。武則天曾在壹次宴會上問他:“妳被人誹謗過多次。為什麽？”袁鐘自嘲道:“我就像壹頭鹿。被指控羅誌的人想吃我的肉。這些惡棍為了名聲陷害我。我怎麽能避開他們呢？”
六九九年，魏將提升為鳳閣侍郎，同平章。不久被調任為禦史、洛州(今河南洛陽)長史。當時，女王最喜歡的張易之和張昌宗兄弟掌權，他們的家奴公開欺負街上的人。上臺後，對這些惡奴毫不留情，壹律用刑杖打死，沈重打擊了張的氣焰。洛陽人民拍手稱快。廬陵王李習安復辟為太子後，魏成了太子的左庶子。此時兩兄弟更加撒嬌霸道，使得國家大事雪上加霜。忠厚直爽的袁鐘對武則天說:“我從始皇帝(高宗)開始就做宰相，卻不能至死忠，讓小人在陛下身邊顯擺。這是我的罪過。”武則天聽後很不高興，兩兄弟更是苦不堪言。
長安三年(703年)，等人誣告魏與司禮成私下商議:“太後年事已高，不如長期挾持太子。”袁鐘再次被捕入獄。武則天召來太子和眾宰相，當面質問和魏。暗中威脅要引誘當時的鳳閣管家張作偽證來傷害，但正直的張勇敢地說:“沒有這回事。”武則天意識到魏是被誣告的，但因為，他被流放到外地，直到中宗復辟才被召回朝鮮。