《第十二秒》的故事從壹個只有第十壹秒的電話開始，到第十二秒埋下的告白結束:“我要找我老公。他叫趙已晨，是刑偵支隊緝毒大隊的壹名警察。妳能幫我告訴他嗎？”聲音戛然而止，通話只有十壹秒，卻是男人九年的支撐。
他幾乎每晚都是聽著這段錄音入睡的，因為聲音是他心愛的妻子——胡佳瑩，他在想妻子要對他說什麽。
這部小說不同於之前的言情小說。女主死了，整部小說只活在男主的記憶裏。她也永遠活在男主的心裏，雖然她還活著。該男子是壹名刑警，九年來壹直沒有放棄尋找失蹤的女子。直到有壹天他接到電話說他女兒來了，讓她去找她，不然他女兒就死定了。原來，胡佳穎失蹤時已懷孕六個月。
後來，他又收到了壹張照片和壹個地址。照片上是他的妻子和壹個女孩。他去了那個神秘人給的地址，那裏真的有壹個女孩，壹個有著相似面孔的女人和她的男朋友。原來，他的妻子也有壹個名字叫韓旭。像他妻子的那個女人是他妻子的妹妹徐蓮，而這個八歲的小女孩是他的女兒，名叫趙錫山。
然而她卻因為某些事情患上了精神疾病和失語癥。警方推測，女孩可能目睹了胡佳穎的死亡。妻子的失蹤很奇怪，她的死也很奇怪，她似乎對他隱瞞了什麽。他想搞清楚上級命令他不要插手他妻子的案子，於是私下調查，慢慢把案情搞清楚。
此案涉及多方勢力，包括販毒、販毒、賣淫和政府官員。他們的孩子經過失語癥的治療，病情有所好轉，終於說出了胡佳穎死亡的真相。