魏晉南北朝
陳寅恪的著作對中世紀史的研究影響最大。他分析說，東漢以後，中國社會中的儒家宗族和非儒家宗族在政治上形成了兩個不同的群體，他們權力的興衰是當時政治演變的基礎。陳寅恪是魏晉南北朝史研究的先驅，涉及領域廣泛，提出了許多精辟見解。魏晉南北朝史研究的成果，不僅在許多方面具有開拓性，而且有許多方法和結論至今仍發人深省，具有啟發意義。他分析了等級制度、宗法制度、民族和宗教這四個突出特點，把政治史和文化史的研究推向深入。其中，最值得註意的是對民族和文化的歷史考察。在《隋唐制度源流略論》和《唐代政治史略論》中，他反復強調民族和文化是研究中國古代史最重要的鑰匙。在民族融合與文化融合的關系上，他提出了“北朝胡漢之分，在於文化而不在於種族”的論點。這對研究中國民族融合史具有重要意義。陳寅恪的魏晉南北朝史研究最精妙之處，在於他在以下幾個方面超越了前人:壹是史料的拓展，如詩歌與史實的互證、考古與音韻材料的運用、域外記載的搜集；二是分析方法的改進，即歷史方法的進步。該書雖非陳寅恪原著，但仍真實反映了陳寅恪在魏晉南北朝史方面的研究成果。
隋唐時期
隋唐有300多年的歷史，是中國中世紀的鼎盛時期，在當時世界各國中名列前茅。然而，歷史學家對這壹時期歷史上的許多重要問題，特別是對其文物制度的起源和演變，研究不夠，缺乏符合史實的著作。有鑒於此，20世紀40年代初，陳寅恪撰寫了《隋唐制度源流略論》，以大量材料系統論述了漢魏至隋唐時期文物制度的源流與演變，在國內外學術界產生了較大影響。
另壹方面，陳寅恪從“古文運動”、“新樂府”、“行卷”三個方面研究唐代文學。他將“古文運動”與民族意識、文化互動相結合，對唐代文學研究提出了新的見解。在論韓愈的文章中，指出古文運動的中心是恢復古代儒學的地位，韓愈等人是古文運動中走在最前面的人。他認為“新樂府”是中國文學逐漸走向下層的壹個重要標誌，其價值和影響高於陳子昂李白，是超越前人的。他是對“興卷”進行全面研究的第壹人，其重要成果是對“興卷”思潮的探索。
宇文泰的“關中為本論”被用來解釋唐朝近三百年統治階級的興衰，得到了充分的論證，後來也被學者們所稱道。此外，他在書中對隋唐時期的禮儀、官職、刑法、音樂、兵制、財政制度等主要制度進行了細致的考察，提出了“關隴集團”的概念，提示了壹把把握西魏、北周、隋朝、初唐歷史發展基本線索的鑰匙，具有重要的學術意義。
明清兩代
陳八十余萬字的《劉別傳》為明清文學研究提供了許多有價值的成果。他對劉作了細致的考證，對錢、劉的詩作了精辟的闡釋。他稱贊劉，贊同錢連宜的觀點，讓人耳目壹新。他為錢、劉的詩文作證，反映了明清之際的政治、社會形勢，是以詩文展示壹代歷史事件的典範。這本書既是檢驗陳寅恪壹生學術水平的綜合實踐，也是陳寅恪壹生治史思想的結晶。
陳寅恪的著作多為考證，但他的考證方法與傳統意義上的考證方法不同。在考證和史實的基礎上，他還註重探索歷史發展的規律。陳寅恪在繼承了幹嘉學者實用、精密、嚴謹的考據學的同時，也吸收了宋學者追求正義、講道理的風格，註重對歷史規律的探索。在西方歷史語言考證派的影響下，他非常重視語言工具的研究，掌握了十幾種外語。他運用所掌握的語言工具，對中外資料進行了比較研究:在西方文化史學的影響下，將文化史學的觀點引入歷史研究，從民族性和文化性兩個角度進行研究，擴大了歷史研究的範圍。陳寅恪在繼承傳統的前提下，創新了考據方法，形成了自己獨特的新考據方法。其考證方法的特點是“詩史互證”和比較法。
“詩史互證”是陳寅恪在研究中運用最多、最具特色的考證方法。雖然陳寅恪不是第壹個提出這種方法的人，但他付諸實踐，並取得了豐碩的成果。他首先註意到唐詩的歷史價值。因為唐詩的作者來自各行各業，所以唐詩中很多作品直接反映現實生活，可以糾正正史的缺點和錯誤。除了唐詩，小說也可以用來證明歷史。他還提出了用小說證明歷史時應註意的壹些原則。《劉傳》是陳寅恪“詩史互證”的代表作。本書通過對錢和劉詩歌的註釋，系統地論述了明末清初的壹系列重大歷史事件。陳寅恪“詩史互證”方法的運用，既是史料範圍的拓展，也是考證方法的創新。
比較法的方法體現在他運用所掌握的語言工具對中外資料進行比較研究，發現了許多前人沒有發現的問題，並闡述了自己的觀點。他用這種方法在蒙古史研究中取得了許多成果；他還考證了壹些史書中的地名和壹些譯書過程中的錯誤。王力可國威、陳寅恪也註重地上物與地下物的比較研究，特別是利用敦煌出土的資料來解讀文獻記載，取得了許多發現。
陳寅恪的新考據方法豐富和發展了中國傳統文獻的研究方法，對弘揚中國傳統文化具有重要意義。但他的壹些考證過於復雜冗長，這是他的缺點。陳寅恪、王國維、陳垣形成了中國史學史上具有代表性的“新考證派”。研究範圍涉及中世紀史、宗教史、蒙古史、敦煌學等。，並取得了許多開創性的成果。孟氏
《蒙古起源》是明朝萬歷年間內蒙古的薩囊車臣人所寫，其中包含了許多神話傳說，與元代的蒙漢史書有所不同，常使人混淆。20世紀30年代初，陳寅恪發表了四篇論文，證明了《蒙古起源》壹書的原始面貌，使人們了解了原始困惑的問題，對後來的蒙古史研究產生了很大影響。他在《蒙古起源》壹書中首次使用了西方漢學家譯名還原的方法，突破了這壹領域正史的傳統證補和重建方式，使中國的蒙古史研究從20世紀30年代開始進入壹個新階段。
敦煌學
陳寅恪的學術研究雖然沒有投身於敦煌學，但他為敦煌學的搶救和整理、敦煌學的建立和發展做出了突出貢獻，最終使敦煌學成為21世紀的“顯學”。陳從事敦煌文獻研究並將其帶入世界學術領域，得到了各國學術界的認可。
1930年，陳寅恪在《敦煌劫陳淵序》中首次提出了“敦煌學”的概念，指出“敦煌學家是當今世界新的學術潮流”。在這篇序言中，從摩尼教經典、唐代歷史事件、佛教文學意義、小說文學史、佛教故事、唐代佚文、古代語言、佛經舊譯本、學術考證等九個方面提出了北京圖書館收藏的8000多件敦煌寫本的研究價值，為敦煌學指明了方向。著有《大乘道潛經註》、《廣金明經懺悔海火罪傳跋》、《大人物命天緣跋》、《必達玲瓏殿緣跋》、《魏校註》、《玄奘弟子西遊記故事沿革》、《蓮花出家緣跋》等論文多篇。此外，在《敦煌石室銘文集序》、《白元詩集》等著作中，敦煌資料被用來補充和證明歷史，大部分敦煌學論文被收入《金明關聰手稿初版》、《金明關聰手稿二版》、《隋唐制度源流略論》、《唐代政治史》和《白元詩話》三部書中。這部著作為敦煌文學研究者開拓了視野，為中國敦煌學的全面發展奠定了基礎，開了先河。
藏學
陳寅恪的藏學與突學研究是歷史知識與歷史道德相統壹的典範。他對“贊”與“求真”關系的嚴謹處理，對歷史的現實評價，至今仍有深遠的教育意義。
陳寅恪積極推動當時中國藏文圖書文獻的保護和收集。中央研究院歷史語言研究所曾保存有陳寅恪編纂的《藏文文獻目錄》。此外，他還在雲南蒙自流放期間撰寫了《蒙古起源筆記》。這部手稿是以他的蒙古文和滿文書籍為基礎，並參考了他的藏文原著和《四庫提要》中所謂的“卡拉布經典”。此外，他還花了很大力氣比較梵文、藏文和漢文佛經版本的異同，並撰寫了《校對》。不幸的是，這些資料和手稿被戰爭摧毀了。
陳寅恪的朋友中，有不少藏族學者。如方桂麗解放前赴美，壹直從事這方面的研究，發表了《馬仲英的檢查》等多篇論文。受陳寅恪的影響，壹些仁人誌士，如余道全、、衛奕信以及壹些學生，如吳其昌、姚維源、遂、劉、、等人，都不同程度地進行了藏學研究。
突厥學
在突厥學領域，陳寅恪摒棄了把突厥史當作隋唐史附屬品的舊觀念，肯定了“突厥才是當時東亞真正的霸主”的立場。他以“外族興衰的連環性”來解釋唐與突厥之間權力的迅速興衰和霸權地位的迅速轉換，表現出傑出的歷史知識。
陳寅恪在佛經的翻譯、整理和解釋，以及音韻學、蒙古語起源、唐力氏族起源、官制和軍制起源、中蒙文化交流等方面都有重要發現。
宗教研究
陳寅恪的宗教學研究是其學術生涯的重要組成部分。早年受過系統的方法論訓練，有深厚的語言文字功底，使他研究宗教得心應手。他的學術研究也被國際學術界的專家學者叫停。陳的家學具有濃厚的佛學氣息。陳寅恪之父陳，曾師從佛教大師的精舍，潛心修行。大哥陳衡恪自幼接受佛教教育，擅長佛教繪畫。蔣天舒先生在《陳寅恪先生年譜》中記載，陳寅恪年輕時，對祖父收藏的《古佛經浩瀚大海》有廣泛的涉獵。佛教研究是他宗教研究中最重要的內容。他以豐富的語言學知識，開拓了南北二傳比較研究的領域，關註了佛教在中國的源流關系，梳理了佛教名稱的產生和演變，指出了中國佛教翻譯中的“誤譯”或“誤解”問題。
佛教傳入中國後，由於語言能力的限制，往往無法與原文或其語言譯文進行比較。陳寅恪強調外語學習。他是學佛的，可以專註考證，討論考證中的問題。20世紀三四十年代是佛教界早期禪宗研究的高潮，他先後在《大乘信仰論》和《六祖壇經》中對“傳佛”問題發表了看法。這些觀點與當時國內壹些著名學者的觀點不同，形成了各自的見解。他還對當時中國佛教界和中國哲學界發起的魏晉玄學討論提出了自己的見解。他對“無心論”的考證也是迄今為止最細致的壹篇，與唐用彤《漢魏南北朝佛教史》中的相關章節可以相互印證。他對武則天與佛教關系的研究也引起了中外學者的關註。此外，他對佛經和佛教文獻的翻譯也有很多話要說。
語言學
陳寅恪精通梵文和西域多種古代語言。也有傳言說他懂20多種語言，包括英語、法語、德語、俄語、西班牙語、日語、蒙古語、阿拉伯語、梵語、巴厘語、突厥語、波斯語、匈牙利語、滿語、藏語、希伯來語、拉丁語、希臘語、維吾爾語、吐火羅語、西夏語、朝鮮語、印度語和暹羅語。陳寅恪要精通日語、德語、英語。參考陳鳳槐的回憶，陳寅恪應該精通英語、德語、法語。陳寅恪在學習遊學期間學過的課程時，要涉獵梵文、希臘文、巴利文。研究他的筆記，陳寅恪要涉獵藏語、蒙古語、突厥回鶻語、吐火潭(土火潭)、西夏語、滿語、朝鮮語、巴厘語、印地語、俄語、伊朗語(應該是古波斯語)、希伯來語。
眾所周知，學習壹門語言有不同的方面，比如聽、說、讀、寫。但陳寅恪在學術研究中的應用，側重於“讀”的層面，通過閱讀各種語言的文獻來進行論證和舉證，而其余的聽、說、寫，則沒有明確的證據。雖然陳寅恪學過的文字很多都是沒有學會聽、說、寫的“滅絕語言”，但就傳說中的英語、法語、日語、德語、俄語、古希臘語、拉丁語而言，並沒有明確的證據表明他能“掌握”除英語、德語、日語之外的其他語言。但陳寅恪對歷史語言學和“死語言”的運用，並不是著眼於掌握語言本身，也不是要把外語的學習表現為壹種聰明好色的知識類型。他仍然借用語言作為輔助工具，他的知識的核心關註點是國內的文明和中土兩國的歷史。1926留學歸來後，陳寅恪成為清華大學研究院教授，是當時清華“四大導師”之壹。之後成為清華大學中文系唯壹的“兼職教授”，在師生中享有“天下天才”、“教授”、“太傅”的美譽。在清華的校園裏，不管是學生還是教授，總是向他請教文史方面的問題，都能得到滿意的答案。大家都稱他為“活字典”，“活字典”。他講課時，研究所所長吳密教授風雨無阻地出席了。其他高水準的教授，比如朱自清，也經常來教室聽他講課。哲學專家馮友蘭時任清華大學秘書長兼文學院長，但每當陳寅恪上中國哲學史的課，馮老師總是恭恭敬敬地陪著陳寅恪走出教師休息室，靜靜地坐在教室裏聽他講課。他的課程主要有佛經翻譯文學、梵文語法、兩晉南北朝史、唐史、唐代樂府、唐詩史等。
陳寅恪很照顧自己的學生，也很關心他們畢業後的生活和就業。他認為問答式筆試並不是觀察知識的最佳方式。做壹篇論文，求新信息新觀點。他從不要求學生死記硬背，而是鼓勵思考，更反對“填鴨式”教育。對於陳寅恪來說，“桃李滿天下”實至名歸。為國家培養了許多優秀人才，其中不乏季羨林、蔣天舒等大師。