該協會由西班牙貴族羅亞於1534年在巴黎大學創立，並於1540年得到教皇保羅三世的批準。羅耀拉先後就讀於阿爾卡拉、薩拉曼卡和巴塞羅那巴黎大學，創辦了羅馬學院和德意誌學院。他的經歷決定了他的宗教活動有尊重科學知識的眼光和條件。
經歷了宗教改革暴力沖擊的天主教，也在反思自己的錯誤，從內部進行改進和改革。
比如洛約拉對羅馬教會僧侶集團的腐敗無能不滿，他根據軍隊組織原則建立了自己的僧侶集團。耶穌會士不再遵循中世紀宗教生活的許多規則，如苦修和禁食，穿著制服和隱居，而是可以滲透到各行各業，參加各種活動。如興辦學校和醫院，投資工商業，進行科學研究等等。還可以以懺悔者的身份出入宮廷，推動海外傳教工作。最早到東方的傳教士是聖方濟各·沙布利歐。1556年聖羅亞死後，他的傳教士遍布世界各地。利瑪竇、湯若望和南懷仁是在中國最有影響的傳教士。
無論耶穌會士對教皇有多忠誠，都足以說明耶穌會士的傳教工作可以歸為文化交流而非文化侵略。尤其是在西方對華大規模軍事活動尚未開始、歐洲教會反對王權的時代，將其視為政治軍事侵略的先鋒更是荒謬。通過獨立的文化活動，他們在東西方文明之間架起了壹座橋梁。後來由於雙方的失誤，兩大文明失去了繼續交流的寶貴機會，最後用鴉片和大炮代替了和平交流，給人們留下了很大的思考空間。特別是夏皮羅的文化交流思想具有重要的借鑒意義。
1540年，沙貝羅作為第壹位耶穌會傳教士，前往印度和日本傳教。他在印度傳教時得到的經驗是，只有品德高尚、學識淵博的傳教士才能完成使命；日本的經驗是，要想傳道，必須學習當地的語言；要想增加基督教在東方的魅力，就必須利用西方發展起來的自然科學作為工具。46歲時，沙羅因為瘧疾而無法踏足中國大陸。但他的努力鼓舞了耶穌會的後代；他的傳教經歷通過書信傳到歐洲，成為寶貴的經驗和後繼者傳教的敲門磚。582年，利瑪竇成功地將基督教傳入古代中國，他的行動表明他借鑒了三郎太的經驗。比如他取了壹個中文名字，學中文用中文布道，穿著精致的衣服，細心地傳播科學知識，等等。他還利用中國文化中的天元崇拜來命名宗教，並將基督教翻譯成天主教。改革天主教葬禮，比如用橄欖油把全身換到額頭，探索中國男女禮儀習俗。這些文化活動大大減少了傳教工作的阻力。
目的和手段有時是顛倒的，耶穌會士的傳教和科學活動在某種程度上是如此錯位。
利瑪竇解釋了他來中國的原因。他說:“我們是來自遙遠西方的牧師，因為我們欽佩中國，想留在這裏侍奉上帝，直到我們死去。”然而，當他的科技活動在中國上層圈子裏獲得成功時，他不自覺地把主要註意力轉移到了這方面。利瑪竇的繼任者湯若望、南懷仁、白晉、衛匡國、白英禮等都因在傳播科學技術方面的貢獻而與中國上層社會有著廣泛的聯系。傳教士還用奎寧治好了康熙帝的瘧疾，西醫受到康熙帝和上層社會的稱贊。他也是皇帝費迪南·南懷仁·康熙的科學啟蒙老師。精通天文歷法，擅長鑄槍。他是當時國家天文臺的最高官員。他是工部的正式侍郎，他是二品。
梵蒂岡不能完全忘記這些傳教士。
當使者們把他們認可和容忍崇拜中國的神靈和祖先的消息帶到西方時，引起了教會和宗教裁判所的憤慨。他們指責傳教士失職，批評中國人拜天拜祖是迷信，要求傳教士回西方參加辯論。耶穌會士寫中國的信仰和文化，準備在歐洲答辯，說明中國對祖先和天地的崇拜不是迷信，而是禮儀。他們把這份文件拿給康熙皇帝看。康熙不僅支持他們，還高度評價這份文件:“這本書很好，符合天道。敬上帝，敬老師，敬父母，是我天下臣民的風俗。這本書很紮實，不需要修改。秦！”禦筆很少這麽大方，可見康熙態度之誠懇。
然而羅馬教會並沒有屈服，雙方的對抗不可避免地發生了。這些傳教士的宗教歸屬和身份，甚至他們的人身安全，如果回去都會成為問題。
在這種情況下，康熙皇帝對在華耶穌會士說:不要回去，只要在中國傳教，我可以給妳綠卡。許多耶穌會士最終死在了中國。在車公莊，埋葬著壹批外國傳教士，包括湯若望、南懷仁等人，其中壹些人還獲得了中國綠卡。