居魯士在位29年(約公元前558年~公元前529年)，但他最終是如何去世的，壹直是歷史之謎。據古希臘歷史學家希羅多德記載，居魯士占領巴比倫後，轉向東北，企圖征服中亞的遊牧民族。希羅多德說，這是“野蠻人”(非希臘人)打的“最激烈的戰爭”。大多數波斯軍隊都死了，居魯士本人也死在了戰場上。戰鬥結束後，馬薩格泰女王托米利斯在她的皮包裏裝滿了人血，為兒子報仇。然後，她在波斯死屍中找到了居魯士的屍體，割下她的頭，放在她裝滿血的皮袋裏。
然而，有其母必有其子，他的兒子岡比西斯二世很快打敗了皇後瑪薩歌泰，奪回了父親的遺體。居魯士的遺體被安葬在他的故都，加地，帕薩爾(位於今天的法爾斯省)，他贏得了永恒的尊敬。200年後，滅亡於波斯帝國的亞歷山大大帝從希臘來到這裏。他沒有摧毀他的陵墓，而是下令修復。居魯士陵墓已經屹立了2500年。陵墓旁邊的壹根柱子上，至今仍能清晰地看到壹段銘文:“我是居魯士國王，阿切曼尼的宗室。”