1.經營方式和定位不同:JD.COM自營店是JD.COM商城經營的店鋪，負責采購、銷售和售後服務，涵蓋電子產品、家居用品、服裝鞋帽、圖書、音像等多個品類。擁有自己的供應鏈體系和倉儲物流體系，保證商品質量和售後服務的可靠性；JD.COM新百貨公司是JD.COM的壹個購物區。自2022年5月起，JD.COM深度整合服裝、家居、美妝、運動、奢侈鐘表等商品和服務，將現有時尚家居業務升級為“JD。COM新百貨”，更加註重產品質量、設計風格和創意，融入各種科技元素，旨在為消費者提供獨特的購物體驗。
2.扣點和利潤來源不壹樣:京東。COM的自營商品由JD.COM直接供貨、采購、發貨並提供售後服務，其利潤來源於商品的零售利潤；作為平臺方，JD.COM新百貨的利潤來自於向商家收取的扣點和服務費。