於敏先生在古漢語音韻學、漢藏比較、漢語語法等方面寫了很多。音韻學方面，主要論文有《上古漢語變調現象》(1948)、《關於古韻合與碎的壹般轉化》(1948)、《後漢三國聲韻譜》(1979)。《聯音辨讀》根據現代語音學理論，考察古代文獻，歸納出同化、重音等幾種類型，對古代外語、古音的轉化和建構提出了新的看法。通傳溝通音韻語法，探討古漢語派生新詞的模式。《對音譜》對梵文佛經翻譯進行校訂，探尋等韻之源，擺脫其束縛，從而使古韻研究脫離空想，腳踏實地。在漢藏語言比較研究中，於敏先生把比較的領域擴展到虛詞和句法，從而理清了漢藏語言的親緣關系和先秦典籍中的壹些語法現象。主要論文有漢文《齊》和藏文《GJI》(1949)和《漢藏虛詞對比研究》(1984)。前者證明“氣”和gji同源，而“別氣”和“何琪”分別相當於P' Agi和gagi，“別氣之子”= P' Agimi Adi“當是實維(它)”= de gagi red，從而解決了老話。後者有了進壹步發展，與27篇空言相比，獲獎很多，並獲得了首屆國家社科基金項目優秀成果論文壹等獎。
在現代漢語語法方面，於敏先生對詞類的區分有獨到的見解。點評:(1951)首次提出重疊可以分隔形容詞和動詞界限的理論。他的《語法與作文》、《名詞、動詞、形容詞》等著作和許多研究論文，也提出了用重疊來劃分名詞、動詞、形容詞和漢語句子結構的語法分析觀點，在當時產生了廣泛的影響。對古代漢語中的虛詞也有深入的研究。他的《說文解字註》既借鑒了甘家學派的研究方法，又註重與現代方言的比較以及外語中的對應現象。他的許多見解深入而獨到，吸引了世人的目光。
《現代漢語語法》(上冊)，於敏先生和呂宗達先生合著，是兩位在北師大教語法的人的講義。這本書雖然是以教科書的名義出現的，但它說的不是壹句俗語，而是兩位作者自己的研究經歷。本書以地道的京腔口語為研究對象，將客家話、粵方言、閩方言、吳四方言的語法事實與古漢語進行比較。它不僅客觀地記錄了北京話的語法特點，而且提出了許多新的語法概念，被稱為描寫北京話語法的專著。因此，該書壹出版就引起了語法界的廣泛關註，被稱為語法著作的“異軍突起”。