1825 16歲時，父親送他去愛丁堡大學學醫。因為達爾文無意學醫，所以他進入農學院後，仍然經常去野外采集動植物標本，並對博物學產生了興趣。
他父親認為他“遊手好閑”，“無所事事”。壹怒之下，1828送他去劍橋大學學習神學，希望他將來能成為壹名“傑出的牧師”，這樣他就可以繼續對博物學的興趣，而不會讓家人蒙羞。然而，達爾文對自然歷史的興趣越來越強烈，他完全放棄了對神學的研究。
達爾文在劍橋期間結識了當時著名的植物學家j·亨斯洛(J. Henslow)和著名的地質學家西德維克(Sidgwick)，接受了植物學和地質研究方面的科學訓練。
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