病原微生物是指能夠侵入人體並引起感染甚至傳染病的微生物，或稱病原體。
病原體在宿主體內的生長繁殖和有毒物質的釋放，使機體發生不同程度的病理變化，稱為感染。但與人工培養細菌的培養基不同，人或動物可以讓細菌不受限制地自由生長繁殖，容易導致機體死亡。病原體侵入人體後，能刺激人體免疫系統產生壹系列免疫反應與之對抗，稱為免疫力。