由於近年來鱷龜養殖業發展迅速，各地鱷龜品種交易頻繁。這導致了鱷龜疾病的流行，給鱷龜養殖業帶來了壹些損失，人們對這壹點的認識也越來越深刻。而購買鱷龜卵不易被病原體汙染，價格低廉，孵化幼鱷龜的發生率低，養殖成活率高。所以目前比較常見的引進方式是購買鱷龜卵，自己孵化幼鱷龜。杉木箱、鐵皮桶、塑料桶都可以用來運輸鱷龜卵。裝雞蛋前，在箱底墊壹層2-3厘米的墊料。墊料用細沙和細鋸末按1: 1的比例充分混合，鋸末質地輕、有彈性、抗震、透氣。但過於寬松透氣，容易使鱷龜卵失水。加入半細沙可以彌補這個缺陷。然後根據鱷龜卵的孵化要求，壹層鱷龜卵，壹層墊料裝卵，壹般能下3-5層卵。裝蛋時應註意使鱷龜卵離箱壁2厘米，以免運輸震動時損傷鱷龜卵。這種運送鱷龜卵的方法相當成功，對後期孵化影響不大。
(2)幼鱷龜的運輸
幼鱷龜可以用45cm * 35cm * 10cm杉木箱或塑料周轉箱運輸。盒子底部和四邊都有通風孔，便於攜帶，能承受外界擠壓。可以疊放，通常運輸時可以疊放五層，可以充分利用車廂空間，提高運輸車的裝載能力。
裝運時，先在箱底鋪上壹層洗凈的去除草根的水生植物，然後每箱裝約200只規格約10g的幼鱷龜，再蓋上壹層水生植物，然後蓋好密封。運輸過程中，每隔7-8小時噴灑壹些相同溫度的河水，以保持箱子壹定的濕度。幼鱷到達目的地後，要先用當地的水在盆子裏洗幹凈，然後餵飼料，消毒，放養。如果停止餵食時間過長，幼鱷的存活率將會受到很大影響。
(3)商品鱷龜運輸
有多種交通方式。因為不再種植並銷往市場，所以可以采用集裝箱運輸。
1.編織袋運輸編織袋或網袋透氣性好，可用於運輸商品鱷龜。通常壹個長80 cm、寬40 cm的編織袋，可以裝2只左右的商品鱷龜。裝上後要紮緊，減少鱷龜的活動，防止抓傷和咬傷。裝運時，可在編織袋底部墊上30厘米厚的水生植物，上面覆蓋壹些水生植物，可使長途運輸體色不變，生命力強，產品質量好。
2.筐、籃、桶多用於短途運輸。先在底部鋪壹層水草，再在鱷龜身上鋪壹層水草。壹般能裝3-4層，運輸存活率也很高。
3.根據鱷龜的規格，用塑料周轉箱包裝單獨的運輸容器。原則上每個箱子裏裝壹只活鱷龜，箱子裏鋪壹些水生植物。裝上鱷龜後，用壹些水草覆蓋。也可以用泡沫塑料、海綿等。而不是水生植物。每個箱子都要紮緊，防止逃跑，箱蓋上要有幾個小孔，方便途中噴水。分開運輸可以有效避免鱷龜相互撕咬，大大提高運輸成活率和貨物質量。
4.如果可以用冷藏車運輸包裝好的商品鱷龜，用冷藏車運輸特別有效。商品鱷龜裝載完畢後，關閉艙門，逐漸降低艙室內溫度至5-8℃，鱷龜停止移動，可以長途運輸。運輸到目的地後，待艙溫緩慢升高至與溫度壹致時，即可取出鮮活的商品鱷龜。
(4)鱷龜的運輸
因為價格高，體積大，加上經常是產卵季節，鱷龜的父母為了避免損失，對運輸條件要求很高。
1.運輸季節在長江中下遊，運輸時間壹般以10的4月上旬或6月中旬較好。這兩個時期溫度適中，池塘水溫在18-20℃之間。適應新的生態環境後，養殖池中的鱷龜溫度剛剛開始進食，或者溫度剛剛進入冬眠狀態，池中的鱷龜存活率比較理想。
2.運輸方式和包裝目前采用汽車、火車、飛機，實行因地制宜的聯運，保證運輸安全快捷，保證運輸和養殖成活率。包裝可分為大包裝和小包裝。小包裝采用透氣性好的薄布，規格為長50厘米，寬50厘米。袋口裝上緊固帶，挑選壹只親鱷龜裝入布袋，紮緊袋口包裝。大包裝可使用木箱(見圖17)、鐵箱或塑料周轉箱，規格為50 cm *40 cm *40 cm。可以在箱蓋和箱體側壁鉆小孔，方便通風。除了包裝箱和運輸工具，還要準備壹些鮮嫩的水生植物。裝箱前要在箱底鋪上厚度為10 cm的水生植物，然後將袋裝的鱷龜平放在箱內，直至覆蓋壹層。千萬不要重疊，以免途中磕碰碾壓。盒子裝好後，蓋上壹層水草，然後封上頂蓋。安裝好的盒子可以重疊三到五層。為了避免日曬雨淋，最好搭個雨棚。
3.安全快遞打包發貨後，要選擇就近、快捷、安全的路線，做到統壹指揮、周密安排、分工明確、責任到人、日夜兼程。如果發貨時間超過2天，在箱外噴壹些清水，使箱內潮濕。這種運輸方式在4天內不會對鱷龜造成太大影響。運輸過程中定期檢查包裝箱，防止包裝箱損壞和堆垛傾斜，發現問題及時處理和解決。
4.卸料和放養親鱷龜不應在到達後立即放養，而應在開箱前讓其適應箱內的當地溫度。開箱後的鱷龜要在消毒箱內消毒，有條件的可以註射抗生素或維生素，提高抗病能力。發現個別患病鱷龜應單獨治療。放養時，把它們壹只壹只放在產卵場，讓它們自己潛到水裏，千萬不要直接扔到深水裏。放養後，如果水溫在20℃以上，應立即投餵新鮮的動物內臟或小雜魚蝦，精心培育，使鱷龜盡快適應環境，恢復體力，提高養殖成活率。