漢藏語系的語言和分類歷來不同，以下兩種分類比較流行。
壹種分為漢語、藏緬語、苗瑤語、壯侗語(或侗臺語、侗臺語、臺語等。).這種分類是由方桂麗首先提出的。在《中國的語言與方言》(1937)中，他提出漢藏語系可分為漢語系、侗臺語系、苗瑤系和藏緬語族，他在1973發表的同名論文中仍堅持這壹分類。我國學者羅昌培、傅茂在《中國少數民族語言文字調查》(1954)中提出的漢藏語系分類表與方桂麗的基本壹致。20世紀50年代以來，國內多數學者采用了羅、傅的分類方法(本條目內容也是基於這種分類方法)，認為壯侗語系和苗瑤語系不僅在現狀上與漢語和藏緬語系有許多相似之處，而且有親緣關系，應屬同壹語系。
另壹種分類以美國學者懷特·保羅為代表。他在《漢藏語系概述》(1972)壹書中，把漢藏語系分為漢語和藏克倫語兩大類，還在藏克倫語下分為緬甸語和克倫語。他認為苗瑤語系、壯侗語系與漢語之間沒有親緣關系，它們的相同或相似來自於相互借用或類型學上的壹致。他還認為苗瑤語族和壯侗語族在成因上與印尼語關系密切，應該屬於同壹個語族，稱為奧泰語族。並引用了壹些與漢語起源不同但與印尼語起源相同的壯語詞來證明自己的論點。早在1942年，保羅·白(Paul Bai)就在《臺灣人、卡代人和印尼人:東南亞新同盟》壹文中提出了臺灣人和印尼人的親緣關系。後來他的觀點得到了進壹步的發展，在1965中提出了建立澳泰語系的設想。上述兩種不同分類的分歧焦點在於:苗瑤語系、壯侗語系與漢語的相同或相似之處，在科學上是否有同源，在類型學上是否有相同或借用的關系。
對某些語言的分類仍有不同意見。比如有人認為應該建立羌語的壹個分支，包括羌語、普米語、賈蓉語。也有人認為這些語言應該屬於藏語支。以前很多人認為白語應該屬於彜語支，後來又有人認為應該屬於另壹個語族。有人認為獨龍族語言應該屬於景頗語支，怒族語言應該屬於彜語支。關於畬語的世系也有兩種意見:有人認為屬於苗語支，有人認為屬於瑤語支。壹般來說，中國學者認為仡佬語屬於壯語和侗語，而國外壹些學者則認為仡佬語屬於澳泰語。在藏緬語、苗瑤語和壯侗語這三大語系中，藏緬語系存在的問題最多，反映了這壹語系分類的復雜性。此外，關於京語的譜系還存在爭議:有人認為屬於漢藏語系，有人認為屬於南亞語系。
由於社會和語言發展中的各種因素，語言和民族的關系出現了許多復雜的情況。大多數情況下，壹個民族使用壹種語言，但也有壹個民族使用兩種或三種語言。例如，瑤族使用三種語言:綿語、布努語、苗語、臘迦語、侗水語、壯侗語系。景頗族使用兩種屬於不同分支的語言:屬於景頗語支的景頗語和屬於緬甸語支的紮瓦語。除了藏語，壹些藏族人使用賈蓉語，等等。還有壹個特殊的現象:生活在海南島的苗族人說的是瑤語，而不是苗語。
除了上面確定的30多種語言，還有壹些“詞”需要進壹步確定是否是獨立的語言。如山寨話、鄉村話、臨高話、木雅話、蘇爾話、二宮話等。隨著漢藏語系研究的深入，將來可能會發現壹些新的語言。通常采用上面提到的第壹種分類法，即瑤渺語系和壯侗語系同屬漢藏語系。按此分類，漢藏語的分布地區主要在中國、泰國、緬甸、不丹、錫金、尼泊爾、印度、孟加拉、越南、老撾、柬埔寨等亞洲部分地區。此外，世界其他地方也有很多漢藏語的使用者。以漢藏語系中某壹種語言為國語或主要語言的國家有中國(漢語)、泰國(泰語)、緬甸(緬甸語)、不丹(宗卡不丹語)、老撾(老撾語)。因為漢藏語言和方言很難劃清界限，所以對語言的數量有不同的估計。美國學者r·謝飛認為大約有300種語言和方言，日本學者喬雄·西田估計大約有400種語言和方言。人口超過1億，約占世界人口的1/4，僅次於印歐語系。
中國是使用漢藏語的人口最多、語種最多的國家。到目前為止，已經確定了30多種語言，分屬不同的語系和分支。其中，漢語分布在全國各地，分為官話、吳語、閩語、粵語、客家話、江西話、湖南話等七種方言。藏緬語族分布在西南、西北和中南地區。苗瑤語系分布在中南、西南和東南地區。壯侗語族分布在中國的中南部和西南部。以羅昌培、傅茂的分類為基礎，結合調查研究成果，將中國漢藏語系劃分為漢語系、藏緬語族、壯侗語族和苗瑤語族。由於漢藏語的歷史比較還沒有全面深入地進行，對其特點的認識主要是在現狀上。通過語言的對比，我們可以看到不同語言之間不僅有許多相似之處，而且有許多發展規律。