豆腐在陰涼處發酵三天，每天打開錫紙壹次，換換空氣。三天後豆腐上會有粘液。如果溫度足夠高，會有黃毛，說明發酵成功。
商家在制作臭豆腐時，壹般會先將臭豆腐發酵，然後制作豆腐胚，最後將豆腐胚浸泡在發酵好的臭豆腐中。