形而上學的詞源，英語形而上學還是拉丁語形而上學，根據西方學者的研究，來源於希伯來語-希臘語:μ ε τ？(metá)表示之後或之上，φυυιυκ？(physiká)原意為“自然，自然的產物”，兩個部首合起來就是“高於自然”的意思。
在羅馬時代，亞裏士多德著作的編纂者將著作中對邏輯、本體論、理性等抽象知識的討論安排在他討論物理學的Physiká之後，並給這些討論壹個總的標題:“自然主義之後”(τ？μετ?τ?φυσικ?βιβλ?α，拉丁文ta meta ta physika biblia，意為自然之後的書)。
這個在中世紀晚期流傳到歐洲的術語，被拉丁文註釋者錯誤地解讀為“超越自然科學的最高學術”。亞裏士多德在書中討論的話題，成為了“形而上學”理論的基本問題。
英文玄學或拉丁文玄學的中文譯名是“玄學”，其詞源取自《易經》“玄學指道，玄學指器”這句話——即玄學是對道，即宇宙之道的學術研究。中文的玄學來自日本人井上哲二郎(明治時期)翻譯的《玄學》。
玄學是指通過理性推理和邏輯來研究無法通過感知直接回答的問題。形而上學討論宇宙的普遍規律。
形而上學關註理論哲學的普遍核心問題，如原子、本質、原因、首要原因和基本結構，如壹切現實存在的意義和目的。
形而上學也被稱為“第壹哲學”，笛卡爾的《第壹哲學沈思錄》也被翻譯成《第壹哲學沈思錄》。
亞裏士多德把人類的知識分為三部分，用學問之樹或知識之樹來比喻:第壹部分，最基本的部分，是根，即形而上學，是壹切知識的基石；第二部分是物理原理，像樹幹；第三部分是其他科學知識，比如分支。所以黑格爾也說過，形而上學是學問的皇冠。(邏輯入門)