(1)飲水機存在重金屬汙染。重金屬通過飲用水進入人體，長期積累會產生毒性作用，特別是對內臟和神經系統的毒性作用，且難以降解。
(2)飲用水在熱罐中反復加熱後會形成“開水”。這種水中含有重金屬、砷化合物等有害物質，長期飲用會危害腸胃健康。(3)傳統飲水機內膽如果超過3個月不清洗，大量細菌、殘渣甚至紅蟲就會滋生，附著在熱容器內壁，成為有毒的“添加劑”。這些物質進入人體後，會引起消化、神經、泌尿、造血系統疾病。懸浮在水中的水垢被我們飲用後會在體內沈澱，容易導致腎結石病、尿道結石等疾病的發病率增加。同時，水垢是牙菌斑和牙周炎的真正元兇，導致無法治愈的口腔疾病。目前仍無疫苗可規模化預防軍團菌，我國每年有2000至3000人死於該菌。
(4)飲水機的熱內膽多采用不銹鋼和鋁殼。測試表明，水中的鐵、鋁、銨的亞硝酸鹽含量在長期加熱後會明顯增加，亞硝酸鹽是眾所周知的致癌物。
(5)飲水機的自儲水箱中殘留了近1，000毫升的水，這也是壹個容易滋生細菌的被忽視的地方。當壹桶水用完換成另壹桶時，人們往往忽略了飲水機內膽還有近1000 ml的“老水”，久而久之細菌開始滋生。這樣下去，會對人體健康造成威脅。
(6)壹般飲水機長時間不用時，其加熱器仍繼續工作，壹方面增加了不必要的耗電，另壹方面使飲用水反復加熱，水質不新鮮，易結垢，有害健康。
(7)幾乎所有普通飲水機的冷熱水都是不分開的。很多時候，我們喝的第壹杯是開水，但隨後大量冷水進入加熱器。在下壹次供暖完成之前，我們喝的都是冷熱混合水，不夠衛生。
(8)飲水機壹般需要空氣進入桶內形成負壓，以保證排水順暢，有多少水，就有多少體積的空氣進入桶內。空氣進入飲水機會造成二次汙染，細菌會不斷繁殖。壹桶水喝的時間越長，細菌數量就會越驚人，對人體健康造成嚴重危害。
(9)使用飲水機時，壹般認為水燒開的時間越長，水質安全系數越高。其實這個提法是不科學的，飲水機的加熱溫度壹般是85℃-95℃，沒有達到沸騰的程度。但長期加熱會影響水的活性。加熱時間越長，水的活性越差，俗稱“陳化水”。此外，飲水機的存儲空間和維護如果解決不好，也會滋生細菌。