因為微生物具有種類多、分布廣、代謝能力強、生長繁殖快、易培養、易變異、適應性強等特點。，它們存在於食品加工、餐飲業等環節。如果微生物指標達不到相關標準，就會危害人體健康，食品微生物檢測已經成為食品安全檢測的重要項目之壹。
測試項目:
阪崎腸桿菌、產氣莢膜梭菌、大腸桿菌、大腸菌群、單核細胞增生李斯特菌、糞大腸菌群、副溶血性弧菌、金黃色葡萄球菌、菌落總數、黴菌和酵母菌、乳酸菌、沙門氏菌檢驗、商業無菌檢驗、誌賀氏菌、蠟樣芽孢桿菌、β溶血性鏈球菌、腸桿菌科檢驗、耐熱大腸菌群、銅綠假單胞菌、微生物。
檢測標準:
GB 4789.40-2016食品安全標準食品微生物學檢驗阪崎腸桿菌檢驗
GB 4789.13-2012食品安全標準食品微生物學檢驗產氣莢膜梭菌檢驗。
GB 4789.38-2012食品安全標準食品微生物學檢驗大腸桿菌計數
GB 4789.3-2016食品安全標準食品微生物檢驗大腸菌群計數
GB 4789.39-2013食品安全標準食品微生物學檢驗糞大腸菌群計數
GB 4789.10-2016食品安全標準食品微生物學檢驗金黃色葡萄球菌檢驗
GB 4789.7-2013食品安全標準食品微生物學檢驗副溶血性弧菌檢驗
GB 4789.35-2016食品安全標準食品微生物學檢驗乳酸菌檢驗
GB 4789.41-2016食品安全標準食品微生物學檢驗腸桿菌科檢驗。
GB 4789.35-2016食品安全標準食品微生物檢驗沙門氏菌檢驗
GB 4789.14-2014食品安全標準食品微生物學檢驗蠟樣芽孢桿菌檢驗。
GB 4789.11-2014食品安全標準食品微生物學檢驗β溶血性鏈球菌試驗。
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