就國內而言，最早的版本是由南京胡承龍約在1593年刻成的“金陵本”，於1596年由李建元進疏、發行。胡承龍對這部偉大巨著的問世，建有不可磨滅的功績，然而“初刻未工，行之不廣”。至1603年，由夏良心、張鼎思序刊的江西本，刻印精良，並改正了金陵本的很多錯誤，同時也出現了壹些新的錯誤。再次是1606年由楊道會、董其昌序刊的湖北本，它與石渠閣(梅墅煙蘿閣)本、張朝瞞本，是照江西本翻刻的，但遜於江西本。不過石渠閣本和張朝瞞本保存下來不少。現許多圖書館所藏石渠閣本無扉頁、牌記，常被人們誤為江西原本。與張朝瞞版本相同的有金閶綠蔭堂、文雅堂本，清畏堂本和五芝堂本。1640年由六有堂出版的錢蔚起本，是對江西版本經過比較仔細的校勘，精心刻印成的。它改正了不少原本的錯誤，同樣也發生壹些新的錯誤。它第壹次對《本草綱目》附圖進行全面改繪，並請當時最有名望的畫工、刻工完成，但有的藥圖失真。1655年太和堂出版的《吳氏重刻本草綱目》，實際是錢蔚起本的原版，但經過吳毓昌認真校勘，又剜改了約二百處錯誤，而新出的錯誤不多，著名的四庫全書本即是以它作底本。現存太和堂本也較多，後期印本字跡已不太清晰，有的甚至十分模糊，或殘破空缺。
目前人民衛生出版社的本子應該比較全面。《本草綱目》（校點本）五十二卷
明•李時珍撰。人民衛生出版社1990.9四刷，據明萬歷三十壹年癸卯（1603）夏良心、張鼎思等南昌初刊刻本為底本排印
個人覺得，最好是根據妳自己不同的需求找合適的版本，目前推薦三種版本僅供參考：
本草綱目 壹二三四冊全 李時珍 人民衛生出版社 老版本 繁體豎（價格較貴）
本草綱目(校點本)(上下,第2版) （這個目前算是比較不錯的，價格中等）
本草綱目（白話彩圖本）/（明）李時珍 （這個是彩版的，如果是家用的話，應該是比較不錯的了，價格相對比較適中）