校勘的方法概括為四種，即對校法、本校法、他校法、理校法，統稱之為“校勘四法”。
1、對校法
即以同書的祖本或別本對校，校出各本異同，不審定是非。就是在廣泛搜集同壹書籍的不同版本的基礎上，從中選擇壹個善本作為底本，再用其他版本進行校勘的方法。但如果版本眾多，譜系不清，則可能會增加錯誤。
2、本校法
“本校法者，以本書前後互證，而抉摘其異同，則知其中之謬誤。吳縝之《新唐書糾謬》，汪輝祖之《元史本證》，即用此法。此法於未得祖本或別本以前，最宜用之，予於《元典章》曾以綱目校目錄，以目錄校書，以書校表，以正集校新集，得其節目訛誤者若幹條。
至於字句之間，則循覽上下文義，近而數葉，遠而數卷，屬詞比事，牴牾自見，不必盡據異本也。”即以本書前後互證，抉摘異同，辨別是非。可以使正文與正文比較，也可以是正文與註文的互校、或文義與體例、文辭押韻等的互校。
3、他校法
“他校法者，以他書校本書。凡其書有采自前人者，可以前人之書校之；有為後人所引者，可以後人之書校之；其史料有為同時之書所並載者，可以同時之書校之。此等校法，範圍較廣，用力較勞，而有時非此不能證明其訛誤。
丁國鈞之《晉書校文》，岑刻之《舊唐書校勘記》，皆此法也。”即以他書或其他材料來校勘本書，註重以其書與本書相關的種種引文作為校勘證據。
4、理校法
即碰到古書無可依據，或數本無所適從時，只好用理校法，以理分析，斷其是非。它通常根據史書的體例原則、遣詞造句的特色來校勘，需要研究者對古籍、音韻、訓詁、歷史、典故等知識有很深的造詣。