紀昀主持編纂的《四庫全書》，對保存和整理中國古代文化遺產功不可沒。余嘉錫曾全面肯定其應有的學術價值：“嘉（慶）、道（光）以後，通儒輩出，莫不資其津逮，奉作指南，功既巨矣，用亦弘矣。”（《四庫提要辯證·序錄》）但由於《四庫全書》的編纂是壹種官方行為，編纂指導思想受政治目的所左右，所以著錄的書籍並非兼收並蓄，而有著嚴格的取舍標準。這在《四庫全書》卷首的《聖諭》中說得很清楚。他們在對古代書籍進行輯佚、校勘、考辨等整理的同時，也在幹著對不利於清朝的壹些書籍進行銷毀、刪削或改易的不光彩勾當；在鉤沈、輯佚、保存古籍的同時，也在破壞、摧殘文化。其結果，不僅使許多具有珍貴史料價值的書籍遭到摒棄，而且使收錄的壹部分書籍尤其是宋元以後的許多具有異端色彩的書籍失去了原貌。從此意義上說，也是壹次文化浩劫。 宋明人著作涉及遼金元少數民族史實，壹概在查禁之列，投降清朝之人的文集因其人無節操在禁毀之列，壹些戲劇、小說因為事關風化也不許留傳後世。最糟糕的是，四庫館臣任意刪改書籍，改變文獻的原始面貌，而根本不加任何標註，現收入《四庫全書》的有些書籍的可靠性遂成疑問。如對明代李贄的言論，清政府就不僅把他的著作列為焚毀書目，而且直斥李贄“非聖無法，敢為異端”，“為小人無忌憚之尤”。（《四庫提要》卷五十史部·別史類存目《藏書》提要）再如對屈大均等那些強烈抵觸清朝人的作品，自然盡在銷毀之列；至於偶有壹二語傷觸清朝而又氣節凜然的明代遺民作品，則稍加“酌改”即為我所用。（《清高宗實錄》卷1095）其政治目的是顯而易見的。根據流傳至今的幾種禁毀書目和有關檔案記載，全毀的書約2400多種，抽毀書400多種，鏟毀、燒毀書版約八萬塊。同時清政府還大興“文字獄”，據《清文字獄檔》記載，《四庫全書》開館後10年內竟發生了48起“文字獄”。 其實際情況恐怕還不止這個數字。