譚棲祥對中國歷代的疆域、行政區域、民族遷徙、文化區域等都做了大量的研究，對黃河、長江水系、湖泊、海岸的變遷都有獨到的見解。重要作品有《長水集》。為表彰他對國家的突出貢獻，國務院授予他特殊津貼，中國科學院授予他榮譽勛章和“科學工作50年”榮譽證書。1991年被美國傳記研究所列為25年來對世界產生重大影響的500人之壹，其成就被載入《牛津名人錄》。由譚啟祥主編、數十位專家完成的《中國歷史地圖集》，反映了我國歷史地理研究的成果。這部8卷本的巨著從原始社會壹直到清代，有20個圖集組，300多幅地圖。每幅畫描繪的都是城市和山脈，數量從幾百到幾千不等，總共約有7萬個名字。既包括歷代王朝的統治範圍，也包括少數民族政權和邊疆政權管轄的地區，反映了中國的疆域始終是中華民族的同壹個地區這壹客觀歷史事實。地圖集以行政區劃為主，包括縣級及縣級以上、縣級以下所有可考的重要地名，以及主要山川、關津、長城、考古遺址等。更重要的是，經過仔細的考察和探索，中國歷史上的陸地和海洋水體的變化已經基本繪制出來了。這些都是以前任何歷史地圖集都沒有做過的事情。這本地圖集反映了中國歷史地理研究的成就，被譽為新中國社會科學的兩大成就之壹。受到國內外學術界的高度重視，並被上海市政府授予特別獎。
譚啟祥在1982之前的主要論文編入《長水集》(上冊、下冊)，由人民出版社於1987年出版。後來主要論文編輯成《長水集續》，人民出版社1994出版。
1?譚啟祥、石念海、陳巧儀主編，中國自然地理歷史自然地理，科學出版社，1982。
2?譚啟祥，《論五藏山經的地理範圍》，《中國科學技術史探索》，上海古籍出版社，1982。
3?譚啟祥，海河水系的形成與發展，歷史地理，1986，4: 1 ~ 27。
4?譚啟祥，《長水集》(上冊、下冊)，人民出版社，1987。
5?譚啟祥主編，《中國歷史地圖集》(第1 ~ 8卷)，中國地圖出版社，1982 ~ 1988。
《中國歷史地圖集》(編)，中國地圖出版社，1982—1988。
《長水集》(上冊、下冊)，人民出版社，1987。
長水集續編人民出版社，1994。
《長水納粹》，湖北教育出版社，2000年。
簡明中國歷史地圖集(編)，中國地圖出版社，1991年。
《辭海歷史地理卷》(編)，辭書出版社，1978。
自然地理，中國歷史與自然地理(第壹主編)，科學出版社，1982。
《中國歷史詞典與歷史地理》(編)，詞典出版社，1996。譚啟祥主編的《中國歷史地圖集》於1955年開始重編重繪。1974完成初稿，之後內部分發。由1980修改，由1982發布，1988發布。這是中國歷史地理學最重大的成就，也是他最傑出的貢獻。
這部史無前例的巨著包含8卷20幅地圖、304幅地圖，囊括了清朝以前所有可考的縣級以上行政單位、主要聚落和部落名稱，以及河、湖、山、峰、渠、長城、關隘、海洋、島嶼等約7萬個名稱。除了中原王朝，還包括歷史上中國各民族建立的政權和活動區域。《地圖集》以歷史文獻為基礎，吸收了考古學、地理學、民族學等相關學科已發表的成果，以其內容完整、審圖細致、繪圖準確贏得了國內外學術界的高度評價，被公認為同類中的佼佼者。
在地圖集的編制過程中，譚棲祥經過反復研究，確定了歷史上中國的範圍，充分反映了各民族創造歷史，為今天中國和中華民族的形成作出貢獻，顯示了漢族的主體地位和主導作用；揭示了逐步擴大和鞏固統壹、逐步深化和穩定發展的基本趨勢。在處理歷史上的民族關系、中外關系、領土邊界等問題上，他始終堅持尊重歷史事實，力求有利於國家統壹和民族團結。
《地圖集》確定的歷史中國、中原王朝、邊疆政權、非漢政權、地方政權和自治區的關系原則，對中國史、民族史、中外關系史和中國歷史行政區地理的研究具有指導意義。他在壹次演講中指出，“我們如何處理歷史上的中國問題？我們把清朝統壹後帝國主義侵略中國之前的清朝領土，具體地說，就是18年50年代到19年鴉片戰爭之前這段時期的中國領土，作為我們歷史時期的中國的範圍。”
從1982到去世，他主持編制了《中華人民共和國國家歷史地圖集》，這將是壹部包括歷史、人文、自然等十余種專題地圖數千幅的巨型地圖集。