1、《醫宗金鑒》
公元1739年，清朝乾隆皇帝詔令太醫院右院判吳謙主持編纂壹套大型的醫學叢書，吳謙征集了全國的各種新舊醫書，並挑選了精通醫學兼通文理的70多位官員***同編修，***歷時三年，終於編輯完成。全書采集了上自春秋戰國，下至明清時期歷代醫書的精華，圖、說、方、論俱備，並附有歌訣，《醫宗金鑒》書名由乾隆皇帝欽定。後來，該書被《四庫全書》收入，並逐步成為中國醫學教與學的必讀書
2、《目經大成》
為清代眼科名著之壹，黃庭鏡(1704～?)著，於乾隆六年〔1741〕草成此書，此後四易其稿，但未付梓。弟子鄧學禮(贊夫)得悉此書後於嘉慶十年刊行，更名為《目科正宗》，刊行九年後被黃庭鏡之孫得見，遂以家藏舊本相校後刊印，悉還原貌。嘉慶二十三年(1818)問世，全書***23萬余字，居歷代眼科專著之魁
3、《醫學源流論》
徐大椿撰於乾隆二十二年(1757)。此書堪稱為“徐大椿醫學論文集”，***收其評論文章九十九篇。上卷為經絡臟腑、脈、病、方藥，下卷則治法、書論(並各科)、古今。縱橫捭闔，觸及之處，每有新見，發前人之未發，言常人所不敢言，尤針砭時弊甚多，論述道理深湛，中醫史上正缺如此大手筆之評論家也，大椿實古今第壹人
4、《本草綱目拾遺》
十卷，趙學敏初撰於乾隆三十年(1765)，又續加補訂而畢於嘉慶八年(1803)，至趙學敏死後，於同治三年(1864)方得初刊。以後則有多次重刊
5、《張氏醫通》
為綜合性醫書，十六卷，清·張璐撰於康熙三十四年(1695)，此書前十二卷論病，包括內、外、婦、兒及五官等科，分門分證，征引古代文獻及歷代醫家醫論，每病先列《內經》、《金匱要略》之論述，次引後世如孫思邈、李東垣、朱丹溪、趙獻可、薛己、張介賓、繆仲淳、喻嘉言等諸家之說，同時結合個人臨證經驗發表議論，但大抵不外折衷成綜合諸家觀點，無多創見。不過，整體醫學思想，比較與薛己、張介賓相近，並闡發“陽非有余，真陰不足”論甚力。自中風至嬰兒***分十六門，每門又分子目，體例實取法於王肯堂《證治準繩》，而選輯更為精審。後四卷論方，***分94門,祖方壹卷，專論方祖源委，分析其配伍、功能與治療之證。另三卷為專方，以病證分門集方，並有方解。
6、《古今圖書集成·醫部全錄》
是中國最大的壹部類書 於康熙中期，誠親王胤祉命進士陳夢雷編《古今圖書匯編》歷十余年而成，康熙帝命改名《古今圖書集成》，其部六千有余，其卷壹萬，集經史諸子百家之大成，集經史諸子百家之大成。原隸此書“博物匯編、藝術典”下之“醫部匯考”，***520卷，分類輯錄自《內經》至清初120余種醫學文獻，有古典醫籍的註釋，各種疾病的辨證論治，醫學藝術，記事及醫家傳略等，記述系統，分門別類明確，各科證治有論有方，引證材科均壹壹詳註出處，標明書目、篇目和作者，便於查對原書，是壹部比較全面的醫學文獻參考書。
7、《外科證治全生集》
，又名《外科全生集》，1卷，刊於乾隆五年(1740)。五維德整理祖傳秘術及生平經驗而成《外科全生集》。此書後經清末馬培之重新分卷並作評註，以前集三卷、後集三卷流行。王氏書先總述癰疽病因、證候、診法並列癥29種。按人體上、中、下三部分論外科病證治療，並兼以內、婦、兒各科病癥治療經驗，計外科效方75首，雜病驗方48首。另介紹200余種外科常用藥之性能及其他炮制，復附有作者治驗之案，甚便於臨床施用
8、《本草崇原》
三卷，約始撰於康熙十三年(1674)，著者張誌聰歿而書未成，後由弟子高世栻續成。繼而王琦訪得副本，校刊後刻入《醫林指月》叢書，時已在乾隆三十二年(1767)，以後續有翻刻。
此書摘錄《本草綱目》中本經藥233味，(另有附品56種)，作“崇原”之論，自序雲“詮釋《本經》闡明藥性，端本五運六氣之理，解釋詳備，”有探討藥性理論之意，藥分上中下三品，從藥物性味、生成、陰陽五行屬性、形色等入手，結合主治疾病之機理，闡明功效，崇本求原思想，對徐大椿、陳修園等影響頗大。
9、《證治匯補》
八卷，康熙二十六年(1687)刊，李用粹(字修之，號惺庵，十七世紀浙江鄞縣人)撰。
此書分為提綱、內因、外體、上竅、陶隔、腹脅、腰膝以及下竅八類，已與過去諸書不同，以內科雜病為主，論述復見集中。介紹八十余種較常見疾病病證，每癥列為壹章，每章又分數節，先引《內經》，後選諸家並註明出於何書，分析原因、外候、辨證、脈象、治法、用藥、附證、方劑等，均為詳而不繁，備而不見。深為臨床醫家使用所稱便。
10、《本草備要》
8卷，汪昂撰，康熙三十三年(1694年)刊，本書可視為臨床藥物手冊，亦為醫學門徑書。主要取材於《本草綱目》和《神農本草經疏》。卷首為藥性總義，統論藥物性味，歸經及炮制大要：卷壹草部藥191種，卷二木部藥83種，卷三果部藥31種，卷四谷菜部藥40種，卷五金石水木部藥58種，卷六禽獸部藥25種，卷七鱗介魚蟲部藥41種，卷八人部藥9種，***計478種。每藥先辨其氣、味、形、色，次述所八經絡、功用、主治，並根據藥物所屬之“十劑”，分記於該藥之首。後世刊本又增附藥圖400余幅，更臻完善。此書刊本亦多，流傳甚廣。
另外，清代還有許多醫學著作傳世，如張誌聰的《素問集註》以及王昂的《素問靈柩類纂約註》等著作都是比較著名的醫學名作，為後世醫學的發展起到了非常重要的作用。