2.關註評論，提取精華。《臨床指南醫案》每壹門都附有其主人的評語，如華錦雲、邵新福、鄒子久、姚、華等。這些評論或強調診療特色，或論述辨證論治方法，頗為中肯，極具參考意義。如《眩暈門》卷後，華按雲:“患眩暈之人，非外邪，乃肝膽之風吹上耳，甚至有昏厥跌倒之虞。.....如果火很嚴重，王先生用羚羊、梔子、連翹、花粉、玄參、生地黃、牡丹皮、桑葉來清焦竅絡脈之熱，這個要從膽先治。如果痰多，就要理陽明，化痰，如竹瀝、姜汁、菖蒲、陳皮、二陳湯等。中虛與人參合，外臺茯苓飲亦如此。虛者必從肝治，補腎養肝，滋陰潛陽，鎮之治也。”在短短的點評中，將葉治療眩暈的辨證論治、用藥規律，有條不紊、條理清晰地揭示出來。此外，徐陵對胎兒的解說也很有參考價值。徐陵對全書2424篇醫案進行了全面細致的研究，撰寫了260余條批評意見、3600余條行評和80余篇門背評論，對葉的臨床經驗和學術創新的精髓給予了高度肯定和評價，也能直言不諱地批評和糾正其不足或錯誤。
3.核實臨床，舉壹反三。要真正把握葉案的實質，必須結合具體案例，親身實踐，舉壹反三，探究其實質。疼痛綜合征是臨床常見疾病，其中以胃痛和脅痛最為常見。《臨床指南醫案》中的67例胃痛、脅痛中，有37例為慢性痛入絡。葉認為，壹切痛證皆始於氣傷經絡，應以治氣理氣為主；久病則是血損絡脈，治血活血應該是第壹步。葉治療蟲類常用的絡病，使“血不凝滯，氣血播散”，明顯比壹般的理氣活血法更有發展，也為各種慢性疾病的治療提供了新的依據和方法。後世名醫張慈公以蟲類藥物為主治療類風濕性關節炎，雲鐵橋以解痙散、平肝熄風治療極熱驚厥，都不能說與葉思想無關。現代中醫已將活血通絡法作為重要的治療原則，廣泛應用於臨床各科，並始終取得滿意的療效。《醫案臨床指南》中的疏補奇經、治虛三策、重視脾胃等理論，都是臨床經驗的總結。