《神農本草經集註》(七卷，壹說三卷)書中首敘藥性之源。次分：玉石、草木、蟲獸、果、菜、米食及有名未用藥物，計7類。這是改變自《神農本草經》“三品分類”以來而按照“天產自然類別”最新分類方法，這壹分類方法成為後世以藥物性質分類的導源。書中對於藥物的性味、產地、采集、形態和鑒別等的論述，都較前人有顯著的提高，並且首創“諸病通用藥”的按藥物效用分類的方法。書中陶氏，把藥物依其主治作用，分成80多類。如治風通用藥有防風， 防己、秦艽等；治水腫通用藥有大戟、甘遂、澤瀉、芫花、豬苓、商陸等；治黃疽通用藥物有茵陳、梔子、紫草、白鮮等，這對便利臨證用藥和處方參考很有價值，所以唐本草以後歷代諸本草都襲而沿用。
陶弘景於公元494——500年間對以前本草進行勘訂整理。他將《神農本草經》所載的365種藥，加以訂正發揮，又加入他所撰著的《名醫別錄》中的365的種藥物，***730種，匯編成書，名《神農本草經集註》。可以說陶氏是最早整理我國古代本草的壹位著名藥學家。
自唐《新修本草》以後，壹直到宋《證類本草》，都是沿襲著《神農本草經集註》體系發展的，直至明末李時珍的《本草綱目》問世以後，才代替了它。