呂思勉著述宏富，其中《白話本國史》強調中國是多民族國家，按照歷史順序，分別敘述每個王朝與周圍少數民族的關系，為通史寫作開辟了新路。《呂著中國通史》上冊分門別類、系統論述社會經濟、政治制度和文化學術的發展情況。下冊分章按歷史順序敘述政治歷史變革，其中婚姻、族制、階級、財產、衣食住行等題，都是過去史書缺乏系統記載的。他所著先秦、秦漢、兩晉南北朝、隋唐五代四部斷代史，***三百余萬字。
呂思勉已刊、未刊論著，80年代末計畫匯編成《呂思勉論學集》。他的全部著作，包括各種斷代史、通史、專史等，已匯編成《呂思勉史學論著》。另有《誠之詩稿》問世。 呂思勉著作目錄及出版情況壹覽表書名 出版時間 出版社版本 白話本國史 1923年 商務印書館初版 1990年 上海書店民國叢書 2005年 上海古籍出版社“呂思勉文集”本 呂著中國通史 1940年 上冊開明書店初版 1944年 下冊開明書店初版 1992年 華東師範大學出版社新版 2005年12月 華東師範大學出版社第二版 2011年5月江蘇鳳凰出版社第壹版先秦史 1941年 開明書店初版 1982年9月 上海古籍出版社新版 2005年 上海古籍出版社“呂思勉文集”本 秦漢史 1947年 開明書店初版 1983年2月 上海古籍出版社新版 2005年 上海古籍出版社“呂思勉文集”本 兩晉南北朝史 1948年 開明書店初版 1983年8月 上海古籍出版社新版 2005年 上海古籍出版社“呂思勉文集”本 隋唐五代史 1959年9月 上海中華書局初版 1984年1月 上海古籍出版社重印，增加未刊的總論 2005年 上海古籍出版社“呂思勉文集”本 先秦學術概論 1933年 上海世界書局初版 1985年6月 中國大百科全書出版社新版重印 2005年 雲南人民出版社新印 理學綱要 1931年 商務印書館初版 1988年3月 上海書店影印初版 1996年3月 北京東方出版社新版重印 中國民族史 1934年 上海世界書局初版 1987年11月 中國大百科全書出版社新版重印 中國制度史 1985年 上海教育出版社出版 2005年 上海書店出版社“世紀文庫”新印本 呂思勉讀史劄記 1982年 上海古籍出版社初版 2005年 上海古籍出版社“呂思勉文集”本 論學集林 1987年 上海教育出版社出版 包括1949年前出版的《經子題解》、《現代文學》、《三國史話》《史籍與史學》《蒿廬論學叢稿》《三國史話之余》《蒿廬劄記》等 史學四種 1981年 上海人民出版社初版 包括1949年前出版的《歷史研究法》、《史通評》、《中國史籍校讀法》《文史通義評》 文字學四種 1985年6月 上海教育出版社出版 包括1949年前出版的《中國文字變遷考》、《章句記》、《字例略說》《說文解字文考》的未刊稿 經子題解 1927年 上海商務印書館出版 1996年3月 華東師範大學出版社“二十世紀國學叢書”新版重印 呂思勉遺文集 1997年 華東師範大學出版社初版 呂著中國近代史 1997年 華東師範大學出版社初版 呂著史學與史籍 2005年 華東師範大學出版社初版 包括史學四種、《史學研究法》、《史籍選文述評》（後兩者曾收入《呂思勉遺文集》） 三國史話 2009年 中華書局版 中國史 2006年 上海古籍出版社出版 呂思勉說史 2000年 上海古籍出版社出版 《呂思勉讀史劄記》中的壹小部分. 呂著三國史話 2006年 中華書局簡體橫排本