哲學基礎學科人才培養和科學研究基地
歷史基礎學科人才培養和科學研究基地
經濟學基礎人才培養基地
數學基礎科學研究與教學人才培養基地
物理基礎科研和教學人才培養基地
化學基礎科研教學人才培養基地
生命科技人才培訓基地
機械基礎課程教學基地
大學生文化素質教育基地人文社會科學重點研究基地
東北亞研究中心
邊疆考古研究中心
數量經濟研究中心
理論法學研究中心
中國國有經濟研究中心
哲學基礎理論研究中心科技創新平臺
材料制備科技創新平臺
汽車工程科技創新平臺
高壓科技創新平臺
集成生物科技創新平臺
工程仿生技術創新平臺
集成光電技術創新平臺
東北資源環境科技創新平臺
計算與軟件科學技術創新平臺
哲學社會科學創新基地
東北亞研究與振興東北哲學社會科學創新基地
中國前沿歷史、地理、哲學社會科學創新基地
經濟分析與預測哲學社會科學創新基地
法律與經濟全球化，哲學社會科學創新基地
社會發展理論、哲學社會科學創新基地集成光電子國家重點聯合實驗室(由清華大學、吉林大學、中科院半導體研究所共建)
理論化學計算國家重點實驗室
超硬材料國家重點實驗室
汽車動態模擬國家重點實驗室
無機合成與制備化學國家重點實驗室
超分子結構與材料國家重點實驗室教育部超分子結構與材料國家重點實驗室
符號計算與知識工程教育部重點實驗室
分子酶學工程教育部重點實驗室
地面機械仿生技術教育部重點實驗室
汽車材料教育部重點實驗室
病理生物學教育部重點實驗室
地球信息探測儀器教育部重點實驗室
東北亞生物進化(教育部重點)實驗室
教育部患病人和動物重點實驗室
相幹光與原子分子光譜學教育部重點實驗室(籌建)變質動力學開放研究實驗室(國土資源部)
應用地球物理綜合解釋理論開放研究室(國土資源部)
水資源評價管理系列模型開放研究實驗室(國土資源部)
現代地球物理儀器開放研究實驗室(國土資源部)
復雜條件下鉆井技術開放研究實驗室(國土資源部)
功能礦物材料應用基礎及理化性能檢測方法開放研究實驗室(國土資源部)
地球探測技術與儀器實驗室(國土資源部)
新通信技術重點實驗室(信息產業部)
信息科學重點實驗室(信息產業部)
通信軟科學重點實驗室(信息產業部)
計算機通信重點實驗室(信息產業部)
放射生物學重點實驗室(衛生部)
國家中醫藥管理局中藥化學三級實驗室
分子生物學三級實驗室(國家中醫藥管理局)
中國人口老齡化與經濟發展研究中心(國家計生委)國家863計劃長春特種工程塑料研究開發中心(科技部)
教育部特種工程塑料工程中心(教育部)吉林省光譜分析儀器工程技術中心
吉林省測控儀器智能工程技術中心
金網格模具工程研究中心
吉林省幹細胞工程研究中心
汽車材料工程研究中心
高壓技術與功能材料工程技術中心
智能信號識別設備工程技術研究中心
通信軟件產品線工程技術研究中心政治學理論研究中心
技術經濟與管理研究中心
東北亞研究所
古籍研究所
高等教育學院
中國研究所
當代國際關系研究中心
鄧小平理論研究中心社會發展研究中心
東北歷史和領土研究中心
加拿大研究中心
知識經濟研究中心
歐洲研究中心
日本研究中心
俄羅斯研究中心
韓國韓國研究中心
信息資源研究中心
吉林大學-成金田金融與法學院
婦女研究中心
中國當代馬克思主義文藝研究中心
中國與周邊國家區域合作研究中心
東北經濟社會協調發展研究中心
三個代表理論研究中心
創新研究中心
輥鍛技術研究所
鏈傳動研究所
超塑性和可塑性研究所
理論化學研究所
原子和分子物理研究所
數學研究所
綜合信息礦產預測研究所
水資源與環境研究所
再生醫學研究所
實驗動物中心
古生物學和地層學研究中心
東北亞國際地球科學研究和教學中心
吉林大學組合化學研究中心
吉林大學車輛檢測技術研發中心
吉林大學前列腺疾病防治中心
吉林大學理論物理中心
計算機科學與技術研究所
吉林大學汽車運輸工程研究中心
農業機械工程研究所
智能儀器與測控技術研究所
人類和動物疾病研究所
吉林省地面機械仿生技術及仿生功能材料中試基地