東漢張陵繼承漢代的黃老道，創立了天師道的教團，用黃老之術教化西蜀少數民族所信仰的宗教，於是老子自然而然成為新教團的教主。自佛教進入中原，這個和中國似曾相識的宗教使得漢朝士大夫普遍認為老子西去印度度化成佛陀；而剛剛傳入中國的佛教，此時微不足道，更是迫切依附在道教上發展，西來傳教的佛教徒也宣稱老子是佛陀的老師。於是，老子化胡的說法成為當時的***識。漢魏時期，太上老君是早期道教教團組織的最高的神。
魏晉時期道教神仙已十分龐雜，但散亂無序。到了南朝梁代，著名道教理論家陶弘景寫的《真靈位業圖》作為第壹個較為系統的道教神譜，開始出現。在這神譜中，陶弘景將神仙分為七個等級，每個等級設壹中位，有壹個神仙主持，中位之外又分設左位，右位若幹席位，安排諸神。七個等級高低有別，以第壹等級為最高，以此分級，秩序井然。各等級除了中位主神外，還有左右諸位神仙，數量各不相等，如第壹等級左位 29 神外，右位 19 神。第三等級左位 50 余神，右位 30 余神。這些左右諸神仙，有的是歷史上的帝王、將相或聖人先賢，如第三等級的孔子、顏回、莊子，第七等級的秦始皇、漢高祖、齊桓公、晉文公、魏武帝、劉備、李廣、韓遂、孫策、徐庶等。有的是道教著名領袖，如第二等級的魏華存、許穆、許擁是道教上清派的創始人，徐來勒、葛玄是靈寶派的創始人，而第四階次的張陵是天師道的鼻祖，葛洪是道教大理論家。有的是神話傳說人物，如第三階次的黃帝、唐堯、虞舜、夏禹，第四階次的赤松子等等。總之，神譜中各色各樣的人物都有，且大都是赫赫有名的人物，但也有無人知曉的人物，難以考其來源，有的與道教關系不大，像孔子也拉進神譜，顯得不倫不類。除陶的神譜外，還有各種不同的神譜，其結構和內容也互有出入。
陶弘景的《真靈位業圖》神譜只是上清派壹家之言，它奉元始天尊、元始天王、太上大道君、金闕帝君等為最高神，靈寶派以元始天尊、太上老君地位為最尊，而天師道則尊老子為最高神。三派各行其是，在最高神問題上彼此不完全認同，隨著道教的發展和各派的互相交融，大概在南北朝末期，出現了統壹的最高尊神“三清”，即元始天尊、靈寶天尊、道德天尊。三清神的出現，標誌著道教神仙譜系的最終定型[6]。
“三清”尊神的建立，卻經歷了壹較長的發展過程。道教初創時，是以老子為其始祖，稱之為太上老君又稱太上道君，尊奉為最高神靈。例如於吉等人所編的《太平經》和張陵等人所造作的道書，皆托名為老君所授，直至北魏寇謙之所撰的《雲中音誦新科之誡》和《錄圖真經》以及他的“天師”稱號，皆托名老君所賜。這是包括太平道和五鬥米道在內的早期道教的壹個***同特點。乃至以後的全真道道統淵源，仍稱太上老君傳於金母，金母傳白雲上真，白雲上真傳王玄甫，王玄甫傳鐘離權。鐘離權授呂洞賓和劉海蟾，呂洞賓授王重陽，重陽授北七真。將全真道統上溯到老子，並尊王玄甫為全真道的始祖。及至東晉中後期上清、靈寶等道派出現後，對道教最高尊神的觀念便發生了變化。這些新起的道派，便不再尊奉太上老君為最高尊神了，而是以元始天王或元始天尊與太上大道君的地位最尊。在這兩派的經書中也提到太上老君，但往往把它擺在壹個次要的地位，有些經書甚至把它作為元始天尊或元始天王和太上道君的弟子看待。這種分歧，在《魏書·釋老誌》和《隋書·經籍誌》對道教的介紹中，便可明顯地看出來。《魏書》卷壹百壹十四《釋老誌》說：“道家之原，出於老子。其自言也，先天地生，以資萬類。上處玉京，為神王之宗；下在紫微，為飛仙之主。”[7]②這顯然是反映了天師道以老子為最高尊神的思想。《隋書》卷三十五《經籍誌》四則稱：“道經者，雲有元始天尊，生於太元之先，稟自然之氣，沖虛凝遠，莫知其極……以為天尊之體，常存不滅，每至天地初開，或在玉京之上，或在窮桑之野，授以秘道，謂之開劫度人。所度皆諸天仙上品，有太上老君……。”這明顯是以元始天尊為最高尊神，太上老君也是元始天尊所傳度的弟子之壹，代表上清派的思想。
天師道與上清、靈寶等三個主要道派在道教最高尊神的觀念方面，分歧既然有如此之大，即道教經書既有大中小之分，則造說這些經書的教主也勢必會有先後等級的差別，在《雲笈七箋》卷六《三洞經教部》之《三洞並序》裏即稱：“三洞既降，遂有大小中乘、初中後法三種分別。”在三洞尊神之間，如何劃分先後等級的差別呢？故道教又有“壹氣化三清”之說。在上引《九天生神章經》裏即含有三清皆由道氣所化之意，在《三洞並序》中說：“又三洞之元，本同道氣；道氣惟壹，應用分三，皆以誘俗修仙，從凡證道，皆漸差別，故有三名。”即是說，三洞的本元，都是來自同壹的道氣，只是應用不同，才分為三個不同的名稱。盡管如此，但具體到究竟是由誰壹氣化三清呢？則又有不同說法。壹種意見是認為，道教的三清是由大羅天的玄、元、始三氣所化而成。如大約為東晉或南北朝初年出世的《太真科》就說：“三天最上號曰大羅，是道境極地，妙氣本壹，唯此大羅生玄元始三燕，化為三清天也。壹日清微天玉清境，始氣所成；二日禹余天上清境，元氣所成；三日大赤天太清境，玄氣所成。”這種說法，並未解決三清尊神之間先後等級的實質問題，而且還會引來住大羅天的尊神是誰，三清尊神是否為這位尊神所化而成等壹系列的問題，故道教通常又有另外兩種說法，壹種說法是認為，三清是由元始天尊壹氣所化，上清派道士多主張之。《三洞並序》引證《業報經》和《應化經》說：“天尊日：吾以道氣，化育群方，從劫到劫，因時立化。吾以龍漢元年，號無形天尊，亦名天寶君，化在玉清境，說《洞真經》十二部，以教天中九聖，大乘之道也。……吾以延康元年，號無始天尊，亦名靈寶君，化在上清境，說《洞玄經》十二部，以教天中九真，中乘之道也。……吾以赤明之年，號梵形天尊，亦名神寶君，化在太清境，說《洞神經》十二部，以教天中九仙，小乘之道也。”這就說，三洞尊神都是元始天尊在不同時期的化身，三洞經書也都是元始天尊在不同時期所說，這樣對道教各派便不會產生等級高下之分，導致教派之間的矛盾了。不過這很明顯是代表上清派的說法，《隋書·經籍誌》采用之。道教的另壹種說法是認為，三清是由老子壹氣所化，這主要以天師道為代表的道士們的思想。這種思想，其淵源甚早。早在道教正式產生之前，就開始對老子進行神化。東漢明帝（公元 57～75 年在位）、章帝（公元 76～88 年在位）之時，益州太守成都人王阜所作的《老子聖母埤》即稱：“老子者，道也。乃生於無形之先，起於太初之前，行於太素之元，浮遊六虛，出入幽冥，觀混合之未別，窺清濁之未分。”[8]這裏便把老子與道合而為壹，而道是天地萬物的根源，因而老子也就自然成為造物主，當然也就是至高無上的神靈了。早期道教繼承並繼續發揮了這壹思想。在道教早期經典《太平經》中便說：“老子者，得道之大聖，幽明所***師者也。應感則變化隨方，功成則隱淪常住。住無所住，常元不在。……周流六虛，教化三界，出世間法，在世間法，有為無為，莫不畢究。”[9]傳為張陵（或張魯）所作的《老子想爾註》，也把老子作為道的化身，稱“壹者，道也”，“壹散形為氣，聚形為太上老君”[10]。《雲笈七簸》卷壹《道德部》之《總敘道德》引葛玄《五千文經序》說：“老君體自然而然，生乎太無之先，起乎無因，經歷天地，終始不可稱載，窮手無窮，極乎無極也，與大道而輪化，為天地而立根，布氣於十方，抱道德之至純，浩浩蕩蕩，不可名也。……堂堂乎為神明之宗，三光持以朗照，天地稟之得生……故眾聖之所***宗。”其後南宋謝守灝所撰編的《混元聖紀》、《太上老君年譜要略》、《太上混元老子史略》等著作中更反復地說：“太上老君者，大道之主宰，萬教之宗元，出乎太無之先，起乎無極之源，經歷天地，不可稱載，終乎無終，窮乎無窮者也。其隨方設教，歷劫為師，隱顯有無，罔得而測。然垂世立教，應現之跡，昭昭然若日月。”又說：“太上老君，乃大道之宗祖，三才之本根也。”又說：“太上老君，乃元氣之祖，萬道之宗，乾坤之根 本，天地之精源。”又引唐尹文操的話說：“老子者，即道之身也，跡有內外不同，由能應之身或異也。”並稱他“秉生成之柄，鎮造化之原，故在天為眾聖之尊，在世為萬教之主。謂之老子者，道之形也，應既不壹，號亦無量，或三十六號，或七十二名。”又說：“老君在天皇時，號玄中大法師，亦日通玄天師，出《洞真經》壹十二部，以無極大道下教人間。在地皇時，號有古大先生，出《洞玄經》壹十二部，化人以無上正真之道。在人皇時，號盤古先生，出《洞神經》壹十二部，化人以太平無為之道。”
按照這種說法，則是三洞經書，皆由老子所造作。不僅如此，甚至還說：“老君於三皇時說經，世謂之《三墳》之書，久失其傳，兼累世所說經，多藏瓊室瑤臺，或秘龍宮海藏，神真保護，世莫得聞，今所傳者，太山壹毫芒爾。”這就是說，三洞之外的眾多經書，也系老子所造。我們知道，道教是以道為最高信仰，以修道成仙為最終目的，這是壹切道派的***同思想，也是道教和其他宗教的根本區別，天師道壹系從東漢以來即將老子看作是道的化身，老子與道是壹是二、二而壹的。“道”是天地萬物的根源，因而作為“道”的化身的太上老君老子，自然也就成為“混沌之祖宗，天地之父母，陰陽之主宰，萬神之帝君”，當然也就是道教的最高神靈了。那末，老子壹氣化三清之說，也就不言而喻了。但在《太上混元老子史略》卷下又有“老君日：夫三洞寶經，皆三清之上道也，吾昔受之於元始天尊”的壹段話與全文主題不類，應是宋朝上清派昌盛掌權編輯《道藏》時所添改的觀點。魏晉道教有另兩種創世說存在，壹種也就是元始天王創世。另壹種是太上老君創世，也是被歷代皇帝推崇與說的最多的。不過，唐代四川“三寶窟”開始供奉道教神像。