面對第壹次“蒙古進攻”，日本鐮倉幕府調集了部分正規軍參戰，九州沿海諸侯也緊急組織武士和民兵參戰。經過20多天的苦戰，日軍戰術相對落後，初戰傷亡慘重，但仍成功阻擋了元軍的前進。經過幾天的僵持，日本人逐漸適應了蒙古人的戰術，開始反擊。日本重騎兵，主要由武士組成，特別英勇。在弓箭手的支援下，冒著箭雨陣攻敵，與敵肉搏，使蒙古射箭優勢失效。劉福衡在激戰中受傷，元軍退回沙灘依靠回力炮防守。至此，元軍傷亡慘重，毫無前進的希望。他們的失敗不可避免。由於箭和物資即將耗盡，元軍無法繼續堅守陣地，只好退守船上。在返回朝鮮的途中，元軍船隊遭到風暴襲擊，遭受了壹些損失，但大部分船只都安全回國。
這場戰役在日本歷史上被稱為“文永之戰”。在東亞，蒙古人第壹次用裝備訓練和勇氣面對對手。韓國人在戰鬥中主要負責近戰，因為日軍的正面沖擊損失慘重。所以韓國人對日本軍人的戰鬥力印象深刻，尤其是日本的戰刀。據說元軍普通士兵的劍用日本刀很容易折斷。相對來說，使用弓箭的蒙古人損失較少。在他們看來，日本人的弓箭雖然厲害，但是射程短，無法和蒙古的牛角弓相比。
第壹次入侵日本後，忽必烈以為日本人領教了蒙古人的厲害，於是再次派使者到日本要求投降，但日本人幹脆將蒙古使者斬首。忽必烈自然不會忍氣吞聲。統壹中國後，他著手準備第二次海上入侵。從中國、蒙古、朝鮮各地征集部隊接受沿海登陸訓練，從全國各地源源不斷地征集遠征軍的物資。與此同時，朝鮮和中國東南沿海的造船廠也在夜以繼日地制造軍艦和運兵船。
如此大規模的探險準備工作自然不能保密。日本人密切監視著元帝國的動向，為即將到來的第二次“蒙古進攻”做了充分的準備。此時日本政局穩定，北島世宗對鐮倉幕府和日本諸侯的控制遠勝從前，日本人可以用更多的人力物力來抵抗入侵。幕府在九州征用民夫，在博多灣敵軍最有可能登陸的地區沿海灘修築石墻，阻擋蒙古騎兵。當敵人進攻的日期臨近時，北島宗盛和北島宗正率領精銳的武士部隊到本州和九州沿海地區進行部署，北島宗正的鎮西軍後來成為戰鬥的主力。與此同時，九州諸侯開始動員民兵，日本其他地方的武士也來參戰。
1281年，龐大的元帝國遠征軍同時從江浙和朝鮮出發。這次遠征非常壯觀，有近5000艘船只，約20萬兵力，其中蒙古人4.5萬人，朝鮮人5萬多人，漢人約10萬人，大部分是新附部隊(編入南宋軍隊)。遠征軍中的古蒙古人自然是戰鬥的中堅力量。北方艦隊如日軍所料，於5月底抵達博多灣。在等待南方艦隊的同時，蒙古軍輕而易舉地攻占了博多灣的幾個島嶼，島上的居民全部被屠殺，島上的建築被摧毀和燒毀。6月初，南方艦隊抵達，兩支龐大的艦隊在九州外海相遇。之後元軍開始登陸，登陸地點是九龍山，離上次大戰主力登陸的地方不遠。這壹次，遠征軍遇到了更加頑強有效的抵抗。日軍以石墻為掩護，不斷擊退元軍的進攻，伺機組織反沖鋒。日軍最成功的反擊打敗了朝鮮軍隊的主力。朝鮮陸軍司令洪察秋被俘身亡，多名蒙古高級指揮官相繼陣亡。激烈的戰鬥持續了壹個多月，遠征軍的損失已經超過三分之壹，但仍然無法突破石墻。到了7月底，元軍基本上糧草箭盡。這個時候，蒙古人和日本人大概都以為這場戰爭的結局會和上次壹樣，以元軍的撤退而告終。
8月1日，太平洋上突然刮起了猛烈的颶風，風暴持續了四天。(這就是日本人所說的“神風隊”)元軍南方艦隊的船只基本被摧毀，北方艦隊的船只也損失過半。北方艦隊的其余船只載著指揮官和壹些蒙古和朝鮮軍隊逃離戰場，返回朝鮮。邦聯軍隊的指揮官和壹些高級官員看到他們無能為力，所以他們不得不離開他們的大部隊，乘南方艦隊的剩余船只逃離。此時九龍山沙灘上仍有近十萬元大軍。這些人已經失去了補給和退路，無法突破日軍的防線。現在他們只能等待死亡。三天後，日軍開始反攻，把殘余的元軍趕到壹個叫芭蕉島的狹窄地帶，然後再以兵力進攻。元軍大部分被殺，剩下的兩萬人被俘。按照蒙古人的標準，日本人把俘虜分為四等，前三等，即蒙古人、色目人、女真人、朝鮮人、北漢人全部處死，第四等唐人(南漢人)免於死刑，成為部民(賤民)。今天博多灣還有壹座小山叫“元官墓”，據說是元軍士兵的集體墓地。
日本歷史將第二次蒙古入侵稱為“紅安之戰”，而這場戰爭日軍的質量和數量都遠勝於“文永之戰”，蒙古人毫無戰術優勢。按照日本人的說法，蒙古人的戰鬥力並沒有想象中那麽強，日本武士各方面都優於他們，尤其是裝備和戰鬥技巧。日本裝備的優勢不僅在於戰刀，還在於武士的盔甲。據說蒙古弓箭只要稍微遠壹點就穿不透武士的盔甲。日本武士完全沒有工作，從小就接受嚴格的軍事訓練。他們的戰鬥技巧比蒙古人強也不足為奇。蒙古人的記載說日本人擅長單打獨鬥，日本人的說法可以證實這壹點。日本人對元軍漢人的評價最低。在他們看來，漢軍怕死，士氣低落，是壹支標準的釣魚部隊。