書成不久，就有朱右作《元史拾遺》，解縉作《元史正誤》。解縉還奉旨改修。清朝以來，不斷有人重修《元史》。留傳到現在的，有邵遠平的《元史類編》，魏源的《元史新編》，曾廉的《元書》，柯劭忞的《新元史》，屠寄的《蒙兀兒史記》等。但它們都不能取代《元史》原書。
《元史》於明洪武三年(1370)冬刻成。嘉靖時南京國子監用洪武舊版重印，損壞的版頁則重新補刊，稱為南監本。1935年商務印書館出版的百衲本《元史》，是以九十九卷殘洪武本和南監本合配影印的，但其中有描修的錯誤。1976年中華書局出版了《元史》標點校勘本，以百衲本為底本，校對了北京圖書館藏原書、北京大學圖書館藏壹百四十四卷殘洪武本及其他版本。除本書互校外，又參考有關史料進行了校勘，並吸取了前人的考訂成果，是目前較好的版本。