九天玄女的原始形象是玄鳥。《詩經·商頌·玄鳥》說：“天命玄鳥，降而生商，宅殷土芒芒，古帝命武湯，正域彼四方。這是殷商後代祭祀祖先的詩歌。意思是說天帝命令玄鳥生下商的始祖契，建立了強大的商王朝。玄鳥就是商的始祖。據《史記· 殷本記》曰：“殷契，母曰簡狄，有娀氏之女，為帝嚳次妃。三人行浴，見玄鳥墮其卵，簡狄取而吞之，因孕生契。契長而佐禹治水有功。封於商，賜姓子氏。”又據《呂氏春秋·音初》記載：“有娀氏有二佚女，為之九成之臺，飲食必以鼓，帝令燕往視之，鳴若隘隘，二女愛而爭搏之，覆以玉筐，少選，發而視之，燕遺二卵，北飛，遂不返。”東漢高誘註曰：“帝，天也。天命降卵於有娀氏，吞而生契。”契，讀作屑(xie，亦作楔。)傳說中為商的始祖，帝嚳之子。傳說商族與玄鳥有血緣關系，應與商族崇拜玄鳥圖騰有密切關系。早在隋朝之前，就有壹部叫《黃帝問玄女兵法》的著作。書中詳細記載了玄女助黃帝戰勝蚩尤的故事。此中玄女為玄鳥所化，雖尚未脫離鳥形，但到底還是進了壹步，成了壹位救助危難傳授兵法的半人半禽的女神。
按照《史記· 殷本記》與《呂氏春秋·音初》的記載，九天聖母奉天命生於下契，事唐虞為司徒，封於商，傳十三代太乙為成湯，建立周朝。她是西靈聖母元君之弟子，又是黃帝之軍師。鑒於她所造能出奇制勝的“天書”兵法，堪稱得是中國上古第壹位傑出的女軍事家。
傳說古時，黃帝與蚩（音癡）尤，鏖戰於涿鹿(今河北省涿鹿縣)九戰而不勝。蚩尤之暴，他祭起法術，使三日三夜大霧冥冥，令軍士不見天日，難辨山川四野方向，困黃帝於太山之下。黃帝見軍士無法作戰，引兵退歸太山之阿，夜間昏然憂寢。西靈聖母遂遺使者，被玄狐之裘，以符授黃帝曰：“太壹在前，天壹在後，得之者勝，戰則克矣。”西靈聖母所授神符，“廣三寸，長壹尺，青瑩為玉，丹血為文。” 授符既畢，西靈聖母又命弟子九天玄女向黃帝傳授“三宮五意陰陽之略，太壹遁甲六壬步鬥之術，陰符之機，靈寶五符五勝之文”。為了戰勝蚩尤，九天玄女又為黃帝制作夔(音葵)牛皮巨鼓八十面，又再授予黃帝圖策，印劍之物，以戰備之用。
據《山海經·大荒東經》記載：夔牛作為古時代神話奇獸，古時生於東海流波山，“其狀如牛，蒼色無角，壹足能走，出入水即風雨，目光如日月，其聲如雷，名曰夔。黃帝殺之，取皮以冒鼓，聲聞五百裏。”《黃帝內經》載：“黃帝伐蚩尤，玄女為帝制夔牛皮鼓八十面，壹震五百裏，連震三千八百裏。”九天玄女令軍士宰夔牛制作八十面戰鼓，使黃帝在得到九天玄女輔助之後，帶兵與蚩尤大戰於中冀。當黃帝擺下“奇門遁甲”陣之後，即令軍士以雷獸之骨，大擊八十面夔牛皮巨鼓，壹時鼓聲大作，壹擊震五百裏，連擊震三千八裏，只見整個戰場地動山搖，天旋地轉，喊殺沖宵漢，使量蚩尤兵卒神魂顛倒，沖殺元門，敗倒如山。“蚩尤銅頭啖石”，即把石頭當飯食，且能“飛空走險。”但在夔牛鼓震聲中，“九擊止之，尤不能走，遂殺之。”爾後，黃帝又誅榆罔於阪泉，(今河北省涿鹿縣東南)，經過這場大血戰，天下始得大定。
傳說“奇門遁甲”最早有四千三百二十局，流傳中逐漸減少為壹千零八十局，七十二局，後來只剩下十八局。據《太平廣記》卷五十六記載；歷代各種玄理奇術“天書”，都與九天玄女治亂安國有關，歷代傳說中，每當天下由亂趨治之時，有時則是九天玄女親授，有時則是有道高人代行；如戰國時期，孫臏從鬼谷子那裏得天書三卷，八門遁法，六甲靈文。
在《三國演義》中，說諸葛亮在帶兵入川時，曾驅兵取亂石，在臨山傍江的魚腹浦沙灘上，布下石陣，名曰八陣圖；諸葛亮按奇門遁甲“休、生、傷、杜、景、死、驚、開。”布陣。其陣反復八門，每日每時，變化無端。日暮，當東吳都督陸遜探陣誤入八陣圖死門時，霎時間狂風大作，飛沙走石，遮天蓋地，怪石磋峨，槎丫似劍，橫沙立土，重疊如山，江聲浪湧，有如劍鼓之聲，可比十萬精兵之勢，當東吳都督陸遜驚得進退無門，大喊：“吾中諸葛之計也！”之際，好得諸葛亮老嶽父黃承彥行善，親來往生門引出，不然定困死於八陣圖之中。唐代大詩人杜甫有詩詠之：“功蓋三分國，名成八陣圖，江流石不轉，遺恨失吞吳。”
傳說薛仁貴出兵征服高麗，也得九天玄女授之白虎鞭、水火袍、震天弓、穿雲箭、無字天書五件寶物，從而東征大捷。在《水滸傳》中，說宋江被江州都頭帶人追得著急，逃到還道村壹座古廟，藏身於神廚之中，經被幾番搜索。得神助而脫險後，有青衣童子引見九天玄女，九天玄女授宋江三卷天書說：“宋星主，傳汝三卷天書，汝可替天行道，為主全忠仗義，為臣輔國安民，去邪歸正，勿忘勿泄。”傳說劉伯溫出山前，在處州羅山山洞中，也得天書四卷，後憑天書輔朱元璋打天下，功標第壹。歷史上關於九天聖母的傳說玄之又玄，她給中國善男信女蒙上壹道神秘的光環。
漢高祖打敗項羽，建立漢朝王朝後，建都城時卻遇到了麻煩：古都鹹陽和秦朝的阿房宮被項羽壹把火燒毀，劉邦不得不另選都址。他派方士張天罡（音：岡）具體去操辦，張天罡首先選中了白鹿原。白鹿原右臨涇水，左接渭河，沃野千裏，路通八極，是個建都的好住處。等到破土動工之日，突然地動山搖、天崩地裂，白鹿原頓時成為壹片汪洋。張天罡在危機之時，大呼素有靈驗的九天玄女來拯救，只見壹片五彩祥雲自西天而降，九天玄女向白鹿原撒下壹把凈土，白鹿原立馬被恢復原狀，無數施工的民工得救了。九天玄女告訴張天罡：白鹿原下有壹巨鯨，這裏不適合建都，要另選都址。張天罡按照玄女的叮囑，最後將都城選定在長安，他按各方方位、距離，打了四十九個鉆孔，在打最後中央的鉆孔時，它被自動塌陷下去，變成壹個深不可測的大洞穴，張天罡急忙懇求九天玄女前來救助。玄女駕雲而來，告訴他洞裏有壹條巨龍，只見她用手中的凈瓶倒扣於空中，把洞穴罩住，又讓張天罡派勇士進洞把巨龍捆綁起來，用鐵板澆鑄鐘樓，九天玄女再用凈瓶倒扣鐘樓上，永鎮住巨龍。從此以後，建都工程進展順利，壹座偉岸的新都城很快落成。
《龍魚河圖》雲：“黃帝攝政前，有蚩尤兄弟八十壹人，並獸身人語，銅頭鐵額，食沙石子，造立兵仗刀戟大弩，威振天下。……黃帝仁義，不能禁止蚩尤，遂不敵，乃仰天而嘆。天遣玄女下，授黃帝兵信神符，制伏蚩尤。”又說：“帝伐蚩尤，乃睡夢西王母，遣道人，被玄狐之裘，以符授之曰：‘太乙在前，天乙備後，河出符信，戰則克矣。黃帝寤，…… 立壇祭以太牢，有玄龜銜符出水中，置壇中而去。黃帝再拜稽首受符，視之，乃夢所得符也。廣三寸，袤壹尺。於是黃帝佩之以征，即日禽蚩尤。”其後，又有《黃帝問玄女戰法》壹書，對上述故事進行演繹。《舊唐書·經籍誌》兵家類著錄《黃帝問玄女法》三卷，蓋即此書，可能出於南北朝。其中有雲：“黃帝與蚩尤九戰九不勝。黃帝歸於太山，三日三夜，天霧冥。有壹婦人，人首鳥形，黃帝稽首再拜，伏不敢起。婦人曰：‘吾玄女也，子欲問何？’黃帝曰：‘小子欲萬戰萬勝，萬隱萬匿，首當從何起？’遂得戰法焉。”明董斯張《廣博物誌》卷九曾引《玄女兵法》文，亦記上述故事。文曰：“蚩尤幻變多方，征風召雨，吹煙噴霧，黃帝師眾大迷。帝歸息太山之阿，昏然憂寢。王母遣使者被玄狐之裘，以符授帝，符廣三寸，長壹尺，青瑩如玉，丹血為文。佩符既畢，王母乃命壹婦人，人首鳥身，謂帝曰：‘我九天玄女也。’授帝以三宮五意陰陽之略，太乙遁甲六壬步鬥之術，陰符之機，靈寶五符五勝之文，遂克蚩尤於中冀。又數年，王母遣使白虎之神，乘白鹿集於帝庭，授以地圖。”此文比《黃帝問玄女戰法》增益甚多，有較多的道教色彩，出書年代應在其後，或許出於隋唐。
唐末五代道士杜光庭，將上述資料加以綜合，寫成《九天玄女傳》，收入《墉城集仙錄》卷六（又載《雲笈七簽》卷壹百壹十四）。該傳亦主述玄女向黃帝授符書以破蚩尤故事，但明確將玄女作為道教神仙加以敘寫。該傳首句即雲：“九天玄女者，黃帝之師，聖母元君弟子也。”繼雲：“王母遣使，披玄狐之裘，以符授帝曰：‘精思告天，必有太上之應。’”當玄女下降，帝再拜受命時，玄女曰：“吾以太上之教，有疑可問也。”當黃帝告以求授戰法之願時，“玄女即授帝六甲六壬兵信之符，靈寶五符策使鬼神之書，制妖通靈五明之印”等，於是“遂滅蚩尤於絕轡之野，中冀之鄉，分四冢以葬之。”杜光庭《墉城集仙錄》說，黃帝與蚩尤戰於涿鹿，蚩尤行法術，作大霧三日，內外皆迷，黃帝不能勝，因設齋於太山之下，西王母遣使以符授之，並告以精思禱天，必有太上之感應。後數日，玄女乘丹鳳，禦景龍，著九色彩翠之衣，降臨黃帝齋所。授以六甲六壬兵信之符、策使鬼神之書、制妖通靈之印、九光玉節十絕靈幡命魔之劍等。黃帝率諸侯再戰蚩尤，遂滅蚩尤於絕轡之野，並用其神術誅榆岡於阪泉之野，平定天下四方。後黃帝於荊山下鑄鼎，得黃龍迎入天宮。道教稱，黃帝兵法戰勝及登仙之術，皆九天玄女所授符圖秘訣，九天玄女為黃帝之師、聖母元君之弟子。後世有托稱黃帝玄女的書文傳世，內容或為兵法，或為陰陽房中之術。
《水滸傳》第四十壹回《還道村受三卷天書，宋公明遇九天玄女》，敘述宋江被官兵追趕時，躲進九天玄女廟，被九天玄女所救，並授其兵書三卷之故事。