自唐代以來，學者們對裴松之及其《三國誌註》進行了尖銳的批評，主要針對裴松之註信息龐雜、體例不純。劉知幾認為裴松之“太軟弱，不能自滿...他喜歡集同異，不發表，隨意打擊，長期坐臥不安(《石頭記補》)。
陳認為，裴註《九鴿傳書》豐富了雜文。總的來說，這本書固率略高，但註釋繁雜(《智齋解題錄》卷四《三國誌》)。
葉適甚至認為，“(裴)註所載皆是(陳)壽書之廢”(引自《三國誌考證》卷191壹文)。
元代從蜀非正統的角度否定裴松之註，認為裴松之“勤於成就，而不能更正統”(《後漢書序》)。
《四庫全書總目提要》肯定了裴對保存六朝文獻的貢獻，並對裴註的不純之風進行了批判:“或詳或略，或有或無，但亦頗不純。但網闊，六朝舊，今不傳者，猶見其崖；從頭到尾很多篇，不像酈道元的《水經註》，李善的《文選註》都是剪下來分開的。故考證之家，取之不盡，反引之證者，比陳壽之書也。”
針對這些指責，錢大昕認為:“天下只有照博洽引，才能真正理解所有的書，才不會成為壹個鎮。”(《三國誌·自序》)
錢大昕也認為:“裴註羅資料不足，尤為有功。”(《三國誌疑辨》序)
李次明高度肯定了裴松之註的體例，認為“裴松之註為諸史註之冠，為註釋者所罕見”(《嶽茂堂日記》未至二月初三)。
侯康充分肯定了裴註的史料價值:“陳誠佐的《三國誌》是世界上的好史，裴註尤為豐富。”1949之後，學者們進壹步肯定了裴註的史料價值。
苗嶽認為“裴註廣泛，異書豐富，考證分析頗準”(《陳壽與三國誌·歷史教學》第1962期)。
楊壹祥總結了裴松之對中國史學的三大貢獻:壹是開創了歷史註釋的新方法；二是創立了史料比較法，發展了史料考據學；第三，他是中國歷史批評史上第壹個有成就的歷史學家(裴松之和葉凡，《光明日報》，7月1962+04)。
此後，對裴松之和朱培的研究幾乎停止了20年。20世紀80年代以來，對裴松之和朱培的研究已經全方位展開。據統計，從1983到2002年，共發表論文30余篇，出版專著《裴松之述評》(吳，南京大學出版社，1998+02)。
在對裴註進行深入研究的基礎上，對裴註史料的引用仍存在兩種批評意見。
認為註文的價值遠不及正文(應正確認識裴註在《三國誌》中的價值，《上海師範大學學報》第4期，1983)。
張孟倫認為，裴松之“屢引奇書講奇事，是為了迎合統治者的意誌”(裴松之《三國誌註》，載《中國歷史文獻研究文集》第四集，嶽麓書社，1983)。
李曉明認為，裴松之政治思想的保守傾向導致了“病偽”精神的不完整；反對神仙學和神秘主義的不徹底，導致妥協，重蹈覆轍；與行文簡潔的思路相反，導致了繁瑣的傾向(《論裴松之史》，華中師範大學學報，第4期，1990)。
相反，吳認為“增事實，聚異同，是裴註的宗旨，也是裴註的壹大優點”；“審慎引用是裴註的又壹優點”(簡評裴註《三國誌》的優點，《史學研究》第1984期，第1期)。
吳則認為裴松之誌怪小說的許多內容是對現實的反映(《裴松之評論》，第315頁)。
日本學者森田信介也持同樣的觀點:“裴註《三國誌》中引用的軼事，是裴松之引用的，因為它們比軼事本身反映了更深刻的歷史事實。”
由此認為，裴松之具有“無與倫比的歷史觀”，“與後來編纂《晉書》時將軼事編入傳記的風格不可同日而語”(刊於《立命館文學》的《六朝史家與聊齋誌異》，引自佐藤佑二2000年的《日本史家對魏晉南北朝史的研究》和《中國史研究》)。
此外，還有《論裴松之《三國誌註》的史料價值》(鄭州大學學報2000年第4期)、易《論裴松之《三國誌註》(長沙水電師範學院學報第1992、1期)、徐達英《裴松之三註》。蔔仁圖《裴松之三國誌註》(內蒙古社會科學，第4期，1996)的史料價值，李伯勛《裴松之三國誌註》(中華文化論壇，第2期，2001)阮榮。劉知禮的《裴松之三國誌與諸葛亮略析》(成都大學學報2002年第2期)從歷史的角度對裴註進行了深入的研究和批判。